1.肛門先天性發育畸形
（1）神經系統發育缺陷 先天性腰骶部脊膜膨出或脊椎裂可伴肛門失禁。患者外括約肌和恥骨直腸肌失去正常神經支配，無收縮功能，處於弛緩狀態。且由於感覺和運動系統均受影響，直腸黏膜在糞便充盈時缺乏膨脹感，不能引起便意及發動排便動作，直腸內糞便隨時排出。此種患兒往往伴有尿失禁。
（2）肛門直腸畸形肛門直腸本身及盆腔結構均發生改變，且直腸盲端越高，改變越明顯，越復雜。高位畸形時直腸盲端位於盆膈之上，恥骨直腸肌短縮，明顯向前上方移位；內括約肌缺如或僅處於雛形狀態；外括約肌多處於松散狀態，其間充滿脂肪組織，肌纖維走行異常紊亂。其病因主要與畸形伴有感覺和運動神經組織結構的缺陷有關。
2.外傷
由於外傷損傷了肛管直腸環，使括約肌失去了括約功能而至大便失禁。如刺傷、割傷、灼傷、凍傷及撕裂傷（主要為產婦分娩時的會陰撕裂）等。
3.神經系統病變
多見於腦外傷、腦腫瘤、腦梗死、脊髓腫瘤、脊髓結核、馬尾神經損傷等均可導致大便失禁。
4.肛管直腸疾病
最常見的是肛管直腸腫瘤；如直腸癌、肛管癌，克羅恩病侵犯到肛管直腸並累及到肛門括約肌時，或潰瘍性結腸炎長期腹瀉引起肛管炎時，或直腸脫垂引起的肛門松弛，以及肛周的嚴重瘢痕影響到肛門括約肌，使肛門閉鎖不全時均可引起大便失禁。