中科大實行“全院辦學、院系結合”的獨特辦學方針，依托中科院各類研究所，促進教學科研壹體化。壹方面，中科大註重基礎課的教學，註重培養學生紮實的數理基礎。自成立以來，壹直實行五年制本科學制(2003年改為四年制)。