福建省企業聯合會秘書處下設綜合服務部、辦公室、會員工作部、聯絡工作部(雇主工作部)、協會工作部、研究部、培訓評估認證部等七個部門。同時,福建省企業聯合會成立了9個專業服務委員會,分別是:科技進步促進委員會、人力資源服務委員會、企業對外合作服務委員會、企業維權工作委員會、政策咨詢服務委員會。福建省企業聯合會建立了國家工信部認定的全國中小企業公共服務示範平臺、福建省中小企業公共服務示範平臺、福建省中小企業窗口服務平臺,為省內企業和經濟協會提供科技進步、人力資源、企業維權、政策咨詢、信息化、金融等多層次、高質量的服務。