1968年，淮南市委、市政府和淮南礦務局（淮南礦業集團前身）研究決定對大通“萬人坑”等五點日軍侵華罪證遺址進行查證和保護。同年正式開館展示。
1986年，大通萬人坑被安徽省人民政府確定為省重點文物保護單位。
1995年，大通萬人坑教育館被安徽省委、省政府命名為省級愛國主義教育基地。
2007年6月，大通萬人坑教育館被安徽省旅遊局批準為國家2A級景區。
2011年3月，大通萬人坑教育館被安徽省旅遊局評定為國家3A級旅遊景區。
2010年，在紀念抗日戰爭勝利65周年之際，淮南大通“萬人坑”教育館被省政府命名為“安徽省國防教育基地”。
2013年3月，大通“萬人坑”、秘密水牢、站後碉堡、日軍司令部等9處侵華日軍淮南罪證遺址被國務院核定公布為第七批全國重點文物保護單位。
2014年9月1日，為隆重紀念中國人民抗日戰爭和世界反法西斯戰爭勝利69周年，國務院公布了第壹批80處國家級抗戰紀念設施、遺址名錄。其中，安徽省***有兩處，淮南市大通萬人坑教育館名列其中。
2015年，為了迎接抗戰勝利70周年，國家文物局支持200萬元對大通萬人坑遺址進行整修，遺址上的大通萬人坑教育館於2月8日至8月底進行閉館整修。4月底，完成《侵華日軍淮南罪證遺址保護與展示利用規劃》；5月底完成存列大綱。除了教育館之外，同時將對9處遺址進行規劃。侵華日軍淮南罪證遺址文物本體包括萬人坑、站後碉堡、碉堡水牢、秘密水牢、窯神廟、日軍司令部、日軍彈藥庫、日軍地堡、日軍南宿舍碉堡9處遺址，壹期重點修繕萬人坑、站後碉堡、碉堡水牢、秘密水牢、窯神廟5處遺址，對日軍司令部、日軍彈藥庫、日軍地堡、日軍南宿舍碉堡4處采取必要搶救加固措施，對文物環境進行清理整治。