1.人文社會科學研究所
2.教育科學院
3.管理學院研究生研究中心
4.體育部研究中心
5.藝術學院研究室
6.外國語言文化研究所
7.數學和信息科學研究所
8.生態環境研究所
9.信息技術研究中心
10.紡織服裝材料與設計研究中心
11.新興文化與傳媒研究中心
12.文化創意與生態農業研究中心
13.燕山文化研究中心
14.冀魯豫區域文化研究中心
15.山東大眾傳媒藝術研究中心
其中，人文社會科學研究所和教育科學研究所是山東現代學院的重要科研機構，涵蓋人文社會科學和教育學領域的重要方向。管理學院研究生研究中心具有較強的管理學科研究能力，數學與信息科學研究所和生態環境研究所是重要的科學技術研究機構。