綜合協調局機關事務工作；負責組織實施教育政策和法規；負責組織和監督本局重要會議的落實；負責局機關的文秘、檔案、保密、信訪、安全和後勤管理工作；負責教育系統與外國及香港、澳門特別行政區和臺灣省的教育交流和學術交流與合作；負責本局的外事接待工作。
(二)督導室(掛市人民政府教育督導室的牌子)
制定教育督導工作計劃和督導評估方案標準；檢查全市教育法律、法規和方針政策的貫徹執行情況；對下級人民政府和有關職能部門履行教育職責的情況進行監督檢查；監督檢查全市“兩基”鞏固提高情況；對全市中學及中學以下學校的教育工作進行監督、檢查和評估；保證素質教育的實施和教育目標的實現。
(3)人事科
負責局機關及直屬單位的人事管理；指導學校人事、勞動工資等工作；指導師範畢業生就業；負責教師資格的認定和《教師資格條例》的實施；負責指導學校教師專業技術資格評審工作；指導和管理老幹部工作；承辦直屬單位領導幹部的考核、任免(聘任)；負責外籍教師的引進和管理。
(4)直屬機關黨委辦公室(紀檢監察室與其合署辦公)。
負責局機關及直屬單位黨務、工業、青年、婦女、思想政治工作和精神文明建設工作。
(5)規劃和財務科(基礎設施科，與其同處壹地)
擬訂教育發展的中長期規劃和年度指導性計劃；管理市政教育基金；會同有關部門擬訂教育經費、教育撥款、教育基礎設施投資和教育收費的政策法規；監督各級財政撥款的執行情況；指導本系統的基本建設和直屬學校的基礎設施規劃建設和財務管理；負責教育統計和信息工作。
(六)中小學教育(同時掛“體育衛生”、“學前教育”牌子)
綜合管理中小學和學前教育；指導和推動實施九年義務教育；指導和管理中小學、幼兒園和特殊教育的學制、教學計劃等行政工作，以及基礎教育階段的招生入學工作；引導社會力量舉辦基礎教育和教育機構的工作。組織協調中小學教育信息化工作；指導學校的體育、衛生和健康教育；指導學校體育與健康教育基礎設施建設。
(七)教師繼續教育處(同時掛市語言文字工作委員會辦公室的牌子)
協調和指導中小學教師培訓工作；指導和實施中小學教師繼續教育；負責語言文字和普通話推廣工作；承擔市語言文字工作委員會的日常工作。
(八)學院學校管理辦公室(同時掛“職業與成人教育”牌子)
統籌管理高等教育、普通和成人中等職業教育；成人文化技術教育和社區文化教育；組織相關教育質量和辦學水平的評估；負責中等職業技術學校的宏觀管理和學歷證書管理；指導中等技術學校布局調整，加強中等職業技術學校基礎設施建設；指導實施掃除文盲和農民文化技術教育；管理社會力量舉辦的高中及以下成人教育；指導和協調城鄉教育綜合改革實驗，組織實施“燎原計劃”。
(九)教研室
研究教學規律，指導全市中小學教學工作；檢查教學質量，總結推廣先進教學經驗；開展教研改革和教學評價活動；組織申報教育科研課題和評選優秀科研成果；辦好惠州教育，組織編寫和選用教材，開展教學科研交流；組織學科教學檢查和質量評估。
(10)考試中心
負責全市中考、高中畢業考試、普通高考、成人高考、自學考試、英語等級考試、計算機等級考試、各類職業課程證書考試、畢業證書認證考試和學籍管理；普通高級中等學校招生工作；指導考生填報升學誌願；普通高考錄取新生；招生工作的統計分析；編寫出版《普通高考和中考指南》。
(11)勤工儉學辦公室
制定並實施勤工儉學計劃，指導學校勤工儉學工作；指導和管理學生勞動基地的建設和校辦企業(廠、場)的運行；推進中小學後勤社會化改革；學校衛生工作；局機關後勤管理和安全工作。
(十二)電教儀器站、信息中心
負責教育技術裝備、教育信息化和圖書館(室)建設；學校實驗室、儀器室、電教室等功能教室及其配套設施設備的建設和管理；普及現代教育技術、教育信息化和網絡信息安全技術；完善教育數字網絡和各類信息應用平臺建設。
(十三)道德教育科
制定並實施全市中小學德育工作計劃；指導學校開展道德教育；開展各種德育評價活動；對中小學生進行國防教育、法制教育、安全教育和禁毒教育；引導學生參加社會實踐活動；指導學校精神文明建設、校園文化建設和學生心理健康教育。
(14)私立教育管理科
制定並實施全市民辦教育發展規劃；審批民辦學校及其他民辦教育機構的設立、設立、變更、終止和審計；負責監督和協調管理民辦學校及其他民辦教育機構依法辦學，並進行檢查、評估、考核和業務指導。
(15)安全辦公室
指導全市中小學、幼兒園、消防、交通、校園周邊環境管理以及教育教學活動中的安全管理；組織協調學校安全事故應急救援工作；監督、檢查、評估學校安全管理工作，開展安全宣傳教育活動；組織安全檢查和安全工作專項指導。
(16)紀檢監察室
落實黨風廉政建設和反腐敗工作；查處所轄範圍內被監督對象違反黨紀政紀的案件，受理投訴和申訴，核實處理違紀違法案件；完成市紀委(市監察局)交辦的工作；局機關和直屬單位的審計監督工作。
(十七)教育服務大廳
負責管理群眾來信來訪；安排並實施總監接待日；協助重大教育問題的聽證；接受群眾咨詢、投訴和對通報工作的調查。