1、分子結構不同：低電滲瓊脂糖是壹種聚合物，其分子結構中含有較多的羥基和羧基等官能團。而普通瓊脂糖則是壹種多糖類物質，其分子結構主要由葡萄糖殘基組成。
2、溶解性質不同：低電滲瓊脂糖的溶解度較低，需要在高溫下才能充分溶解。而普通瓊脂糖則可以在常溫下較快地溶解。
3、電滲性質不同：由於低電滲瓊脂糖分子結構中含有大量帶電官能團，因此其電滲性質較強。而普通瓊脂糖則幾乎沒有電滲性質。
4、應用範圍不同：由於低電滲瓊脂糖具有較好的分離效果和穩定性，因此在生物化學、分子生物學等領域中廣泛應用。而普通瓊脂糖則主要用於制備細菌培養基、凝膠過濾等實驗操作中。