直接費用是指項目實施過程中與項目直接相關的費用，主要包括:
(1)設備費:指在項目實施過程中，購置或試制專用儀器設備，更新現有儀器設備，以及從其他單位租用儀器設備所發生的費用。計算設備和軟件工具可計入設備費。要嚴格控制設備購置，鼓勵專用儀器設備的開放獲取、自主研究和租賃，對現有儀器設備進行升級改造，避免重復購置。
(二)營業費用:指項目實施過程中消耗的各種材料、輔料等低值易耗品的采購、運輸、裝卸、整理等費用，檢測、實驗室加工、燃料動力、出版/文獻/信息傳播/知識產權事務、會議/差旅/國際合作與交流等相關費用。
(3)勞務費:指在項目實施過程中支付給項目聘請的研究生、博士後、訪問學者、研究人員和研究助理的勞務費，以及支付給臨時聘請的咨詢專家的費用。