1、會計信息的非安全性，
會計信息安全與否直接關系到企業經營管理活動的科學性和其他要素（系統資源、資金、財產物資）的安全，是電子商務安全交易的關鍵，是網絡會計安全的核心，是會計監督的安全保障。然而，由於下列壹些因素的作用，網絡會計信息的安全性著實令人擔憂。計算機網絡的發展，使各種計算機系統互相連接，從而使系統間的數據流動性很大。但計算機系統本身是脆弱的，病毒的感染、計算機硬件的故障、用戶的誤操作等都會危及網絡系統的安全性。
網絡會計是壹個開放系統，其開放性不僅體現在會計的業務範圍，會計的信息披露上，還體現在企業的決策數據上。網絡會計系統的開放性與企業會計運作所要求的某些信息的保密性和安全性產生了較大的沖突。網絡會計主要依靠自動數據處理功能，而這種功能又集中，即使發生微小的幹擾或差錯，都會造成嚴重後果。商業機密有可能在無形中向外開放，落人未被授權的人員手中，若被競爭對手獲取則無疑是致命的。在客戶和服務器之間傳遞的壹些私人信息有可能被未授權的人員所截獲並非法使用、改動。黑客可能惡意攻擊網絡會計系統，通過非法截取、惡意修改，或通過嵌入非法的舞弊程序，致使系統癱瘓，從而給公司帶來不可估量的損失。尤其是跨地區、跨國傳送的數據，安全問題更是難以保證。
隨著會計信息網絡化，電子符號代替了會計數據，信息的載體已由紙介質過渡到磁性介質和光電介質。這些介質的保存有較高的要求，易受到高溫、磁性物質、劇烈震動的影響。再加上計算機軟、硬件更新換代頻繁，隔代兼容的問題還未解決，因而檔案能否安全保存的風險性還很大。
2、會計信息的非真實完整性，
傳統會計下，會計信息的真實完整性和經濟責任的明確是通過白紙黑字的會計記錄、相關會計記錄中的簽字蓋章、審計制度及內部控制制度來確保的。而在網絡會計中，在網絡傳輸和保存中對電子數據的修改、非法攔截、竊取、篡改、轉移、偽造、刪除、隱匿等可以不留任何痕跡。財務數據流動過程中簽字蓋章等傳統確認手段不再存在。網絡計算機集成化處理促使傳統手工會計中內部控制制度的效力逐步削弱，傳統的組織控制功能弱化。網絡系統的開放性和動態性加大了審計取證難度，加劇了會計信息失真的風險。
3、會計從業人員的不適應性，
網絡會計下的會計從業人員應當熟悉計算機網絡和網絡信息技術，掌握網絡會計常見故障的排除方法及相應的維護措施，了解有關電子商務知識和國際電子交易的法律法規，具備商務經營管理和國際社會文化背景知識，精通會計知識。目前，這樣的復合型人才在我國還非常缺乏。大多數會計人員文化程度普遍較低、英文底子較薄、視野較窄、新事物接受能力較差，限制了電子商務在我國發展的前景以及會計信息系統在企業的普及和有效利用。