through 是穿越。under 是在下邊。都是介詞。
第壹句意思是，船穿越了橋（洞），很正常。
第二句的意思是， 船在橋下跑，不合邏輯。
綜上，這兩句都沒有語法錯誤，但意思不壹樣，第二句不合常理，所以應為 through.