1、性質：執業醫師是壹種資格證書，代表持有者具有合法從事醫療工作的資格，是成為醫生的基礎。而主治醫師是醫院職稱體系中的中級職稱，高於住院醫師，低於副主任醫師和主任醫師。
2、級別：執業醫師沒有級別之分，只證明個人有行醫資格。主治醫師則是醫生職稱等級中的壹個級別，通常需要具備壹定的工作經驗和專業技能才能晉升為此職稱。
3、職責範圍：執業醫師可以在註冊的執業範圍內進行醫學診查、疾病調查等工作，並獲得與本人執業活動相當的醫療設備基本條件。主治醫師則在醫生組長領導下，負責本科壹定範圍的醫療、教學、科研和預防工作。