開展水旱災害防治的基礎理論與技術研究，參與起草水旱災害防治規劃及防禦應急預案，研發水旱災害風險調查、監測預警、應急處置技術及方法模型，研究水旱災害演進機理和情境構建，參與有關水旱災害的險情災情分析研判、趨勢預測和總結評估工作。
2012年根據國家民政部與上海市人民政府的“部市合作協議”精神，成立了上海市防災減災技術中心，中心承擔提高我國防災減災應急產業領域用品、裝備、設施科技含量的任務。余建國策劃的“船聯網”，已在南海漁政、東海漁政船上開通，有力支持了漁政部門在黃巖島、釣魚島等海域維護漁權的執法工作。
2012年6月上旬，山東省民政廳（減災委）向上海市防災減災技術中心發出參與2012年山東省臺風應急演習的正式邀請函。經過短暫的準備，近日，中心壹行十六人和四臺應急保障車隊趕赴山東。在行程千余公裏後按時抵達山東威海市和榮成市兩處指定集結地點。此次演練是以臺風災害預警和應急救助為背景的綜合演練，整個演練分為兩個場景進行，利用桌面推演和實戰演練相結合的方式，集中展示了預警響應、綜合協調、緊急轉移、集中安置和應急救助等應急工作程序。通過此次演練全面檢驗了救災應急預案，磨合了救災應急機制，鍛煉了救災應急隊伍，反映了自然災害應急救助的基本要求和操作規範，對評估、修訂和完善各級應急預案具有示範作用。參加演習的相關重要領導是山東省減災委主任、副省長夏耕，民政部國家減災中心副主任馮金社，山東省民政廳廳長張國琛，威海市委副書記、市長張惠，威海市副市長付廣照出席演習。上海市防災減災技術中心主任余建國，常務副主任鄭勇也參加此次演習。