研究院以協同創新為導向，采取獨特的“協同創新中心-基金二元耦合”體制，協同創新中心按照圍繞產業鏈構建創新鏈的思路組建，推動知識、技術、產品與產業的深度融合，致力於實現5個協同：
壹是大學與大學協同：分析支撐某產業的主要學科，選擇這些學科實力最強的大學（院）委派領軍人才，建立若幹專門的先進技術研究實體，保證支撐壹個產業是學科最強的大學組合，形成最強的研究力量；
二是大學與產業協同：遴選出覆蓋該產業全產業鏈的壹批企業和代表性用戶，***建協同創新基金，***同規劃、評估、投資項目和實施成果轉化，與上遊大學和先進技術研究群體***同形成包括基礎研究、應用研究、產業發展和應用示範等4個層次的、“目標壹致、責任***擔、利益***享、行動同步”的金字塔結構協同創新中心；
三是企業與行業協同：壹項技術的價值最大化，除其自身的因素外，還與行業整體的技術水平高度相關，研究院將著力圍繞行業整體技術進步進行技術發展規劃，系統開展該領域***性技術、關鍵性技術和前瞻性技術的研發與轉化，項目完成後由中心內最適合企業或組建新企業實施產業化；
四是創新與人才培養協同：研究院采取“雙課堂、雙導師、雙身份、雙考核”的模式，培養高端創新創業人才，即研究生在大學修完理論課後到研究院承擔實際科研任務，大學導師指導學術，研究院導師培養其解決實際問題能力，研究院按照全職工作人員發放報酬，提高學生創新積極性，按照理論與實際成果水平決定是否授予學位；
五是首都知識經濟與地方產業經濟協同：服務首都轉型發展，發揮首都的科教優勢，創造先進技術，並以知識產權與地方進行產業發展的合作，致力於創造壹種知識經濟新模式。