1935年、1947年和1983年，中國政府歷次公布的南沙群島名稱中並無“中洲礁”這壹島礁名；此礁應是珊瑚礁長高後新出現的礁體，或是1983年公布標準名稱時露出水面的面積還很小。
2002年、2003年，均有臺灣的專家學者至島上進行綠蠵龜等生態研究。
臺灣當局於2003年10月20日召開南海小組第七次會議，學者建議政府將太平島及中洲礁附近海域劃歸“島嶼生態系”之重要棲息環境，並公告為“海洋保護區”。
海巡署曾以生態工法興建中洲礁“生態保育觀測亭”，於2004年3月28日完工，2004年7月21日“生態保育觀測亭”因中洲礁附近海域受西南氣流影響，湧浪甚大，觀測亭遂遭大浪沖擊流失，現正研擬興建燈塔，以利往來通航。海巡署仍以環島巡弋、登島巡視、生態調查等，維護我國於南海之主權。