超級馬裏奧63的默認操作方法如下： 1.行動：方向鍵；左右鍵控制馬裏奧前進或後退，上鍵則是跳躍和開門，下鍵則是臥倒。 2.功能： （1）Z鍵：對話或閱讀；而馬裏奧跳起來之後再按Z則是來壹個靶跺，可以以此幹掉壹些特殊的敵人。註意：城堡裏的蘑菇人多半都是在講廢話，有壹個蘑菇人甚至大聲嚷嚷：“Obama!Obama!”由此筆者懷疑Runouw是奧巴馬的支持者。
（2）X鍵：旋轉功能，不僅可以用來擊倒敵人、擊碎木塊，甚至可以在從高處落下時起到壹個緩沖的作用！還有，註意只有剛按下X後的壹點時間是可以幹掉敵人、破除木塊的，久了就只有緩沖作用了。
（3）C鍵：噴水功能，配有水泵時方可使用。其實空格鍵也有同樣的作用，但是空格鍵有時會出現遲滯的現象（估計是壹個BUG）。在抓住庫巴時按下C才能把它扔出去（三次庫巴戰，要把庫巴扔到兩旁的炸彈上各三次）。
（X和C還能作“選定”的功能） 3.系統： （1）P鍵可以打開菜單、暫停遊戲，在菜單裏，您可以查看自己的成績，查看未拿到的太陽幣和星星幣，或是退出遊戲/退出關卡。
（2）Shift鍵：可以在各種水泵之間切換。
（3）+/-鍵：可以放大或是縮小畫面，很有用。 4.技能： （1）↑（表示跳躍，下同）+Z=大坐：最重要的技能之壹，可以用於解決某些特殊的敵人（比如城堡後院的板栗王）；也可以在飛行時迅速落地，但是要看好落地的位置，否則不小心跌進懸崖就杯具了。
（2）↑+↑=二次跳：比壹跳要稍高壹點，且路易基的二跳就和馬裏奧的三跳壹樣高了。
（3）↑+↑+↑=三次跳：最重要的技能之壹，戴著飛行帽的時候可以借此起飛；同時也可以借此達到某些較高的地方。
（4）方向+↓+反方向+↑=後空翻：比二跳稍高壹點。速度比跑得更快。
（5）↑+↓=撲打：連續按↑↓組合鍵則可以讓馬裏奧在地上翻騰，進而爬上某些特殊的斜坡。
（6）←+→（連續按動）=高速旋轉：比X鍵更強大的緩沖和殺怪功能，使馬裏奧對壹切小怪無敵。但是似乎不太好控制......
（7） 方向+x=地上旋轉（橫掃地面）：只是邊走邊旋轉，對於壹些小怪多的地方，可以清除地面上的怪物。（註意x要不停摁，否則無法殺怪）