各級人民政府交通行政主管部門所屬航運管理機構負責具體工作，其主要職責是：
(壹)劃定港口區域，依法確定港口水域、陸域的使用權，編制港口建設規劃；
(二)管理港口的基礎設施和設備安全技術；
(三)按國家規定征收有關港口費；
(四)管理港口裝卸、搬運和港口運輸市場，調解港區業務糾紛；
(五)指導港埠企業完成生產計劃；
(六)負責港口統計工作，按規定報送報表；
(七)負責維護港區安全生產秩序，統壹指揮進出港口的人員、車輛、船舶；會同有關部門處理港口生產、設備事故。第四條 港區劃定方案由航運管理機構編制，交通等有關部門審查，報縣級以上人民政府批準。經批準劃定的港區是港口生產、建設的專用區域。
港區岸線可按常年洪水位以上三至五米為界劃定，岸線以下的岸坡、灘地、水面與水下、水上架空等為港區水域；岸線以上港口現有設施和依法使用的土地以及根據規劃依法征撥的土地(包括碼頭、庫場、道路、客貨站房以及港口運輸生產、生活配套等設施使用的土地)為港區陸域。第五條 港口規劃納入城鎮總體規劃，港口建設根據港口規劃進行。
航運管理機構按照統籌安排、合理布局的原則，編制近期和遠期港口建設規劃，並按下列規定報批：
(壹)年吞吐量在10萬噸(含10萬噸)以上的港口建設規劃，由當地縣級交通行政主管部門會同有關部審查，同級人民政府審定，報省交通和計劃行政主管部門批準；
(二)年吞吐量在10萬噸以下的，由當地縣級交通行政主管部門會同有關部門審查，經同級人民政府批準，報省交通和計劃行政主管部門備案。第六條 專用碼頭的建設和管理必須遵守國家有關規定。航運管理機構應在統壹規劃的前提下，鼓勵和支持企、事業單位投資建設專用碼頭，誰建誰用誰受益。企業專用碼頭生產能力有余，可按國家有關規定從事營業性的裝卸業務。第七條 興辦港埠企業或從事營業性港埠業務的單位和個人，必須向當地航運管理機構提出書面申請，經批準並取得《港埠業務經營許可證》後，向工商行政管理機關申請註冊登記，方可從事生產經營活動。
港埠企業和從事營業性港埠業務的單位和個人，應嚴格遵守國家法律、法規和港口規章制度，接受航運管理機構和有關部門的監督。第八條 港埠企業和從事營業性港埠業務的單位和個人以及企、事業專用碼頭對社會提供服務，應按規定的價格收費，使用稅務部門統壹監印的票據，並依法繳納稅費。
港埠企業和從事營業性港埠業務的單位和個人以及企、事業專用碼頭，必須按規定向航運管理機構報送統計資料。
航運管理機構從企、事業專用碼頭收取的貨物港務費，應按國家規定的比例返還專用碼頭所有者，作為碼頭設施維護和建設的專項資金。第九條 港口管理的費目、費率及分配比例由省交通行政主管部門制訂，報省財政、物價行政主管部門審定。航運管理機構不得自立費目和標準。
航運管理機構按規定征收的港口費，應使用財政部門統壹印制的收據，各項收費按《貴州省預算外資金管理條例》及其實施細則進行管理。所收費用存入同級財政部門在銀行開設的專戶，專項用於港口維護和建設。各項支出必須符合國家有關規定，並接受同級物價、財政和上級交通行政主管部門的監督。第十條 違反本辦法有下列行為之壹的，由航運管理機構申報縣級以上(含縣級)交通行政主管部門予以處罰：
(壹)違反港口統壹規劃、建設管理規定，擅自在港區內進行施工作業的，責令停止施工、限期拆除、恢復原狀；情節嚴重的，可並處1000元以下的罰款；
(二)違反港區水域管理規定，擅自在水上、水下進行施工、資源開發和砂石采挖的責令停止施工、沒收開發采挖的資源，情節嚴重的可並處500元以下的罰款；
(三)損壞港口設施的，責令限期修復；不能修復的，賠償經濟損失；
(四)不按規定繳納港口費的，責令限期繳納；限期內不能繳納的，逾期每日按遲付款額3＿5‰收繳滯納金；
(五)在港區內強行代辦服務的，視情節輕重，給予警告、限期整頓或停業。
(六)不按規定向航運管理機構報送(或不按時報送)有關統計報表的，給予警告，並限期補報；拒不補報的，責令其停業整頓。