中國科學院大學在北京有四個校區——玉泉路、中關村、奧運村、雁棲湖校區。國科大的中關村校區，位於擁有“中國矽谷”之稱的中關村地區，毗鄰北大清華等著名高校和中科院的十多個研究所；奧運村校區，毗鄰奧林匹克公園、鳥巢和水立方，緊靠中科院10余個高水平研究所；雁棲湖校區座落在懷柔雁棲湖風景區，依山傍水、風景優美，與2014年APEC會址隔湖相望，該校區是2004年國務院批準立項的容納1萬名師生的新校區；玉泉路校區位於長安街西段延長線，是國科大1978年建校以來的傳統校園，設施完善、幽靜典雅，交通便捷。國科大的本科生教育，將安排在玉泉路校區。
國科大不設任何分校。
中國科學院大學隸屬於中科院，依托遍布全國各地的研究所。這些研究所不能算作中科院大學的壹部分，只是代培養單位，跟中科院大學同樣隸屬於中科院。
當然在京外的五個教育基地，本科生招生網上都說了沒有任何分校，這些教育基地其實還是算作中科院的，中科院大學與中科院，還有跟中科院研究所的關系，壹定要搞清楚
除此之外，中科院在合肥還有中國科學技術大學，在上海與上海市***建的上海科技大學，都隸屬於中科院