分類主要是指對進出口企業進行分類管理。不同等級的企業對於通關速度和待遇的管理方式是不同的(類似於海關的ABC級別)。檢驗檢疫主要分為“ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ”四個等級，壹級最好，四級最差。分類的前提是相關檢驗檢疫部門和工作人員首先對企業進行分類管理評審，根據企業質量體系建設和質量保證能力給予分級，分級後結合進出口產品風險等級給予監管方式(包括信用監管、核查監管、壹般監管和嚴格監管)。
註冊意味著企業必須獲得進出口檢驗檢疫“許可證”。壹般企業出口只需要獲得自檢和註冊(網上錄入信息，打印回執，到當地檢驗檢疫局)，而壹些生產敏感產品的企業需要獲得許可證或註冊審查，如食品、水產品、農產品等，必須經過審查批準後才能註冊。