部門簡介：中國民族衛生協會自成立以來，不斷的加強內部組織建設，促使協會得到快速發展。目前，協會下設：綜合辦公室、扶貧項目辦公室、內參編輯部、培訓部、對外聯絡部、市場調研部、會員管理與服務部、民族醫藥發展專項基金、回族衛生專業委員會、健康飲水專業委員會。
綜合辦公室
綜合辦公室是協會的綜合管理部門，負責協會領導交辦的事務；負責協會的財務工作；負責協會的後勤工作；參與協會年度工作報告和工作計劃的制定；負責協會的宣傳教育工作；參與協會各項工作的實施；協調、督促協會各分支機構和辦事部門正常、有序的開展各項工作；負責協會公文的收、發處理和管理工作；起草和制定協會各項規章制度；負責協會的對外聯系工作和重要的接待安排工作；對地方的來電、來信、來訪進行記錄和答復。
扶貧項目辦公室
扶貧項目辦公室是開展民族醫藥衛生扶持工作的部門。負責接受國內、外及社會各界的慈善捐贈；按捐贈方的意願組織調研，進行捐贈；組織社會資源支助民族醫藥企業、院校及科研單位發展；開展“縣，鄉醫院援助”、“特困救助”、“危難救助”等活動，為社會特困群體提供各種形式的幫助；協助政府發展衛生事業，促進社會文明與進步。
編輯部
《中國民族衛生動態》是協會主辦的行業內部動態期刊。負責報道協會有關工作和會議信息；負責組織對民族地區的醫療衛生狀況進行調研，並將調研報告及時匯總上報有關部門和領導；在做好調研工作的基礎上，及時報道、反映我國民族地區衛生事業取得的新成就、新經驗，並探討存在的問題以及解決的辦法，為協會開展對民族地區醫療衛生事業的扶持工作提供決策依據。
培訓部
培訓部是開展我國衛生人才培訓的部門。負責申請和實施國家級繼續醫學教育項目；組織國內知名專家、學者對基層衛生人員進行素質及專業技能的綜合培訓，不斷提高基層醫護人員的專業水平；對培訓合格學員授予國家繼續教育學分；承接衛生部門的有關會議、培訓及專題調研工作。
對外聯絡部
對外聯絡部是開展協會與外界聯絡工作的部門。負責協會與國內、外專家、學者、企業及事業單位的聯絡工作；協調醫療機構、生產企業和民族醫藥科研、教育機構與民族地區衛生部門之間的關系；促進國內、外同行業之間的交流與合作。
市場調研部
市場調研部是協會關於醫藥市場綜合調研的部門。負責研究醫藥市場環境、市場形勢；反饋市場情況，提供關於當前醫藥市場的有效信息；探索醫藥市場潛力和發展趨勢；優化與調整信息結構，識別投資決策可行性，為會員單位提供真實的行業信息,幫助他們尋找市場機會,為會員提供有效的營銷策略方案。
會員管理與服務部
會員管理與服務部組織有誌於民族地區醫療衛生事業的單位和個人為民族地區進行醫療衛生援助；幫助各會員單位和個人與被援助地區建立起廣泛的聯系與溝通；促進各會員單位和個人之間進行廣泛的業務交流和合作,以便更好地為民族地區醫療衛生事業服務。
民族醫藥發展專項基金管理委員會
民族醫藥發展專項基金管理委員會是協會的分支機構，主要負責挖掘、整理和保護民族醫藥文化，開發民族醫藥資源，進行民族醫藥理論基礎和臨床應用研究以及對鄉村骨幹民族醫藥工作者進行培訓。扶持民族醫藥科研研究及生產工作。
回族衛生專業委員會
回族衛生專業委員會是協會的分支機構，組織著名回族醫藥專家、學者開展對回醫藥的挖掘、整理、研究和開發工作，加強回醫藥與其他民族醫藥的交流與合作。進行回醫藥的博覽與高峰論壇。
風濕疑難病專業委員會
風濕疑難病專業委員會是協會的分支機構，主要從事風濕病的民族醫藥研究，加強各民族間在風濕病領域的交流與合作，宣傳有關風濕病的醫藥文化知識，整理國內、外風濕病行業信息，開展風濕病的教育、出版工作，扶持民族醫藥事業發展。
健康飲水專業委員會
健康飲水專業委員會是協會的分支機構，主要從事飲水安全與健康知識的宣傳教育，對民族地區的飲水狀況進行調研，開展飲水領域的信息交流、書刊編輯、專業博覽和咨詢服務等工作。