工作職能:負責政府事務和事務的處理和綜合協調；負責會議組織、消息處理、秘書事務、文件檔案管理、起草重要文件；負責政府監管和監督；負責機關的行政和後勤工作；負責機關退休人員的管理和服務工作。
社會部
工作職能:圍繞省委、省政府重點經濟工作，組織省學會開展決策論證、學術交流和技術成果轉化；配合有關部門參與科技政策法規的制定；積極發現和培養中青年科技專家；承擔已加入省科協的省級學會、協會、研究會的管理職責。
推廣部
工作職責:弘揚科學精神，普及科學知識，傳播科學思想和方法，組織、協調、指導全省和科協的科學技術普及工作；指導企業科協和農村專業技術研究會的工作；組織技術咨詢、技術推廣、技術培訓和技術服務。
國際部
工作職能:開展民間國際科技交流與合作；海外訪問團隊、訪問學者、研修生、進修生；接待來訪團隊；提供國際科技信息，開展涉外咨詢服務；承辦對外聯絡、報關、簽證等事務。
宣傳調節部
工作職能:宣傳黨的科技政策和知識分子政策，宣傳優秀科技工作者；做好科協重點工作和重大活動的新聞報道；開展調查研究，做好“科技工作者建議”，反映科技工作者的意見和要求，維護科技工作者的權益。開展全省青少年科技教育活動，提高青少年的科學文化素質。
財會部
工作職責:負責編制年度預算計劃；負責管理山西省科協的財務、資產、審計等工作；負責綜合業務統計等。
信息辦公室
工作職責:負責組織、指導和協調山西省科協的信息化建設；負責山西省科協信息基礎設施的建設、運行和管理；負責山西省科協的信息收集、加工和發布工作。
人事處
工作職能:管理科協直屬機關、事業單位的組織、人事和機構編制；
負責機關及直屬事業單位黨群工作。
科學普及
工作職責:負責山西省科普惠農計劃的組織實施等。