1、東南大學是教育部直屬的985工程全國重點大學，而東南大學成賢學院是東南大學合並的壹所三本院校，實行二本招生。
2、東南大學畢業生頒發東南大學文憑，而成賢學院畢業生頒發成賢學院文憑。
3、東南大學擁有雄厚的師資力量，包括壹批國內外知名學者和專家。而成賢學院的師資力量較弱，盡管有壹部分東南大學的退休教師在成賢學院任教，但總體上與東南大學相比有壹定差距。
4、東南大學作為全國重點大學，其教學資源豐富，實驗室和科研設施較為完備。而成賢學院在這方面的條件較差，與東南大學存在壹定差距。
5、東南大學的學術氛圍較濃厚，有利於學生深入學術研究。而成賢學院由於辦學層次較低，學術氛圍較弱。
6、東南大學的畢業生在國內外享有較高的聲譽，就業前景較好。而成賢學院的畢業生在就業市場上的競爭力較弱。
7、東南大學和東南大學成賢學院的招生計劃是分開的，各自獨立招生。
8、東南大學成賢學院位於南京市浦口區，而東南大學本部位於南京市四牌樓校區。兩地距離較遠，校區環境也有壹定差別。