磁盤分區容量區別
NTFS可以支持的分區(如果采用動態磁盤則稱為卷)大小可以達到2TB（2048GB）,而Windows?2000中的FAT32支持分區的大小最大為32GB
單個文件容量區別
FAT32在實際運行中不支持單個文件大於4GB的文件，壹旦超過容量限制那麽系統就會提示磁盤空間不足。NTFS就目前來說已經突破了單個文件4GB的容量限制，目前來說似乎沒容量限制，只要硬盤空間容量有多大，那麽就NTFS就可以分到多大。
安全方面區別
FAT32文件安全設置：不支持；NTFS文件安全設置：支持
磁盤配額的區別
在壹臺電腦有多個用戶使用時，而作為系統管理員，可以給用戶設置不同的磁盤空間容量。
FAT32磁盤配額：不支持；NTFS磁盤配額：支持