99A2型主戰坦克在外觀上與原來的99式和99G主戰坦克最明顯的區別，就是加裝了大量的披掛式爆炸反應裝甲，其主要安裝在炮塔正面和側面，避彈性能與防護能力均獲得顯著提升。
火力也由99G的125mm到了99A2的140mm。