本條例所稱水路交通及其管理，包括港口和航道的規劃建設、維護和保護、港口和水路運輸管理、內河通航水域交通安全管理、船舶檢驗、船員管理、水上搜救等。
法律、行政法規對水路運輸及其經營活動已有規定的，從其規定。第三條水路交通發展應當遵循統籌協調、運旅融合、創新驅動、綠色發展、安全便捷的原則。第四條縣級以上有關人民政府應當加強對水路交通的領導，將水路交通納入國民經濟和社會發展規劃，建立健全水路交通協調機制，將水路交通發展所需資金納入本級財政預算。第五條省人民政府交通主管部門負責全省水路交通管理工作。
縣級以上人民政府交通主管部門及其所屬機構在職責範圍內負責本行政區域內的水路運輸及相關管理工作。
縣級以上人民政府發展改革、市場監管、公安、應急管理、生態環境、自然資源、水利、農業農村等有關部門應當按照各自職責，做好水路交通及其管理的相關工作。
省、市(州)人民政府交通主管部門應當劃定本行政區域內的通航水域，並向社會公布。第六條縣級以上人民政府交通主管部門應當加強水路交通信用信息的歸集和共享，推進水路交通行業信用體系建設。第七條省人民政府交通主管部門應當根據國家內河航運標準、防洪標準和航運發展需要，會同同級發展改革、水行政主管部門等部門編制全省航道規劃，報省人民政府會同國務院交通主管部門批準公布。
航道技術等級的劃分、審批和備案按照法律法規的規定執行。第八條縣級以上人民政府交通主管部門及其所屬機構應當加強對航道的管理和維護，過船設施管理單位應當加強維護工作，保持航道處於良好的技術狀態，保障船舶安全便捷通行。
縣級以上人民政府交通主管部門及其所屬機構應當為保障航道暢通，在航道上實施正常的航道維護工程，包括測量、疏浚、拋泥、圍墾、清障、維護航道設施和安裝助航設施。任何單位和個人不得非法阻撓、幹涉或者索取費用。
縣級以上人民政府交通主管部門應當及時發布航道變更、航標位移、航道尺度和水情、航道建設作業等航道通告。第九條除法律、行政法規規定不需要進行通航條件影響評價的項目外，下列與航道有關的項目，應當由建設單位在項目可行性研究階段進行評價，並報有審查權的交通主管部門:
(壹)修建跨越航道的橋梁、隧道、管道、電纜等建築物和構築物；
(二)在通航河流上修建永久性堤壩；
(三)在河道保護範圍內的河湖附近修建建築物或者構築物。
在黃河、洮河、白龍江等通航河段，建設單位應當同步建設過船設施。第十條禁止下列危及航道航行安全的行為:
(壹)在航道內設置漁具或者養殖設施；
(二)在航道和航道保護範圍內傾倒砂石、泥漿、垃圾和其他廢棄物；
(三)從事貨物裝卸、加油、船舶維修、捕撈等。在通航建築物及其引航道和船舶調度區內，影響通航建築物正常運行的；
(四)危及航道設施安全的；
(五)其他危及航行安全的行為。第十壹條河道采砂應當依照有關法律、行政法規的規定進行。禁止在禁止采砂區進行采砂、無證采砂、不按照批準的範圍和作業方式采砂等非法采砂活動。
在航道和航道保護範圍內采砂不得破壞航道通航條件。第十二條在內河通航水域或者岸線進行下列可能影響航行安全的作業或者活動，應當按照法定程序報交通主管部門批準後方可作業或者活動:
(壹)勘探、開采和爆破；
(二)建造、安裝、維修、拆除水下構築物或者設施；
(三)架設橋梁和索道；
(四)鋪設、檢修和拆除水下電纜或管道；
(五)安裝系泊浮標、浮筒、系船柱等設施；
(六)航道建設、航道、碼頭前沿水域疏浚；
(七)舉辦大型群眾性活動和體育競賽。
前款所列經營或者活動，依照法律、行政法規的規定需要經其他有關部門審批的，還應當依法辦理相關審批手續。