1、培養目標不同
信息工程專業培養具有信息的獲取、傳遞、處理、利用以及進行控制系統分析和設計等方面的知識，能在信息產業及國民經濟各部門從事信息系統和控制系統的研究、設計、集成、制造和運行工作的德、智、體全面發展的高級工程技術和科研人才。
軟件工程的目標是在給定成本、進度的前提下，開發出具有適用性、有效性、可修改性、可靠性、可理解性、可維護性、可重用性、可移植性、可追蹤性、可互操作性和滿足用戶需求的軟件產品。追求這些目標有助於提高軟件產品的質量和開發效率，減少維護的困難。
2、研究方向不同
信息工程專業是建立在超大規模集成電路技術和現代計算機技術基礎上，研究信息處理理論、技術和工程實現的專門學科。該專業以研究信息系統和控制系統的應用技術為核心。
軟件工程是壹門研究用工程化方法構建和維護有效的、實用的和高質量的軟件的學科。它涉及程序設計語言、數據庫、軟件開發工具、系統平臺、標準、設計模式等方面。
3、從業領域不同
信息工程：工業與電氣工程有關的運動控制、工業過程控制、電氣工程、電力電子技術、檢測與自動化儀表、電子與計算機技術等領域從事工程設計、系統分析、系統運行、研制開發、經濟管理等方面的工作。
軟件工程：計算機網絡信息與通信安全、計算機圖形學與人機交互、多媒體技術應用、人工智能與識別、嵌入式軟件與應用、自動控制、分布式計算與網格計算、雲計算技術、存儲技術、數據庫技術研究、計算機輔助設計與應用技術、大數據分析與處理等方面的工作。
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