日本的修學旅行最早源於1882年的壹次學校活動，栃木縣第壹初級中學（現栃木縣立宇都宮高中）的老師組織學生們到東京上野參觀“第二屆實業發展促進博覽會”。1883年，在長野師範學校（現信州大學）舉辦的類似活動中，開始使用“修學旅行”壹詞。1886年，東京師範學校開展“長途遠足”，學生徒步到千葉縣，進行了為期數天的古跡參觀、生物采集研究等活動，同年出版的雜誌也正式將此類活動命名為“修學旅行”。這次旅行被“日本修學旅行協會”認定為是日本真正意義上修學旅行的開始。其後，長野縣和山梨縣等地也組織了觀測日食、富士山登山等住宿旅行活動，修學旅行很快在全日本普及開來。
1958年，日本文部省在《中小學教學指導大綱》中將修學旅行規定為“學校活動”的內容。同年，日本開始制造關東地區修學旅行專用列車“日出號”和關西地區專用列車“希望號”，並於翌年投入使用。1959年，日本文部省開始實施對困難家庭學生修學旅行的補助政策。1968年，中小學生開始乘坐新幹線進行修學旅行。1978年，公立高中生在修學旅行時開始乘坐飛機。可以說，有著百余年歷史的修學旅行是日本中小學校最具特色的學生教育活動，也正被世界上越來越多的國家借鑒和效仿。