學會的最高權力機構是會員代表大會，由此選舉產生理事會，在閉會期間理事會行使職權。理事會推選出常務理事會在理事會閉會期間行使學會領導職能。 學會每年召開理事會議壹次，每年召開常務理事會議 次，審議學會重大事項，還不定期召開會長工作會議，完善學會議事制度。學會下設九個工作委員會負責制定本工作範圍內的計劃，反映相關的意見，供理事會審議批準。 學會秘書處下設立 個辦事機構。貫徹執行理事會常務理事會及會長秘書長辦公會議決議及交辦的任務，完成學會的日常工作，使學會的各項工作不斷細化和規範。 中華口腔醫學會成立以來，全國各省、自治區，直轄市相繼成立了口腔醫學會。全國各省、自治區、直轄市口腔醫學會自願成為中華口腔醫學會的單位會員，中華口腔醫學會對省、直轄市、自治區口腔醫學會有業務指導關系。
中華口腔醫學會成立以來註重專業學科的發展，積極穩妥地組建專科專業委員會(或分學會)，已組建專科專業委員會21個，分會3個，來自全國各地的1000余名口腔領域各學科的優秀專家成為專業委員會、分會的委員，這些專家是學會開展各項工作最堅實的學術力量。
理事會
下設組織工作委員會、學術工作委員會、編輯工作委員會、科普工作委員會、中青年醫師工作委員會，負責制定本工作範圍內的計劃，反映相關的意見，供理事會審議批準。
秘書處
學會機關設立秘書處、學會辦公室、學術部、國際交流部、繼續教育部、科技研究部、信息部、會員工作部、財務部。貫徹執行理事會常務理事會及會長秘書長辦公會議決議及交辦的任務，完成學會的日常工作。
團體會員
北京市口腔醫學會、天津市口腔醫學會、遼寧省口腔醫學會、黑龍江省口腔醫學會以、河北省口腔醫學會、安徽省口腔醫學會、浙江省口腔醫學會、福建省口腔醫學會、廣東省口腔醫學會、海南省口腔醫學會、湖北省口腔醫學會、廣西自治區口腔醫學會、雲南省口腔醫學會、上海市口腔醫學會、山西省口腔醫學會、四川省口腔醫學會、內蒙古自治區口腔醫學會、陜西省口腔醫學會、江西省口腔醫學會、吉林省口腔醫學會、寧夏回族自治區口腔醫學會、青海省口腔醫學會
專業委員會
口腔修復學專業委員會、口腔預防醫學專業委員會、口腔正畸專業委員會、牙體牙髓病學專業委員會、口腔頜面外科專業委員會、口腔種植專業委員會、口腔材料專業委員會、口腔病理專業委員會、兒童口腔醫學專業委員會、牙周病學專業委員會、顳下頜關節病及合學專業委員會、口腔粘膜病專業委員會、口腔修復工藝學專業委員會、老年口腔醫學專業委員會、醫院管理專業委員會、口腔頜面放射專業委員會、口腔醫學教育專業委員會、口腔麻醉學專業委員會、口腔醫學計算機專業委員會、中西醫結合專業委員會、全科口腔醫學專業委員會、口腔生物醫學專業委員會，此外還有正頜外科學組、唇腭裂學組、頜面創傷學組、口腔頜面腫瘤學組、口腔頜面脈管瘤學組、涎腺疾病學組，以及民營口腔醫療分會。