在第四節車廂下面，壹段長達20多米的地基，也就是道床，明顯拱起，將鐵軌高高擡起，導致兩節車廂發生大幅度落差，發生故障而停車。
其他車廂下方，正常地基與軌道兩側通道壹樣高，但出事的地基明顯高出兩側通道，其中，拱起最高處近20厘米，剛好位於第四節車廂下方，靠近連接處。其中，南側拱起的幅度稍微超過北側。拱起的路基上，出現幾處裂縫，最寬的有近1厘米。鐵軌下方的混凝土和通道本應是壹體的，但此時出現了裂縫，寬1厘米左右。
在路基和兩側隧道壁銜接處，正常情況下也是嚴密結合在壹起的，但由於路基拱起，銜接處出現了巨大裂縫，可以伸進手臂。發現下面不到20厘米處全是水。擡頭望去，壹條裂縫從隧道頂部向兩旁壹直延伸到路基，不停地滲水。靠近南側尤為嚴重，隧道壁內的灰色建材都被沖了出來。在第四節車廂靠近東部，鐵軌下有壹個“泉眼”，水從混凝土地縫裏嘩嘩淌出，匯聚成小溪，往東流去。
究竟是什麽原因會導致如此意外，南京市地鐵公司總經理助理陳誌寧昨天查看了現場後表示，主要是地下水滲進惹的禍。 地鐵方面表示，經現場查看，軌道異常處出現在下馬坊站往新街口方向約200米處。該區間為礦山法施工，隧道深埋40余米，地質結構為巖層富含裂隙。最近南京地區多雨，特別是21日晚間的暴雨，導致地下水位遞增，引起混凝土道床上浮約10厘米，涉及範圍20余米。初步分析觀察，隧道初支二襯承力結構無損壞，現正在積極研究搶修方案，相關人員、設備及材料已組織到場。
陳誌寧解釋：“道床本身和二襯是沒有相連的，軌道是混凝土結構來支撐的，水壓下混凝土結構拱起，道床上浮。”
地鐵方面表示，當初二號線在建設過程中，地質就相當復雜，中山門以東是紫金山崗地，按道理全是風化巖層，施工也全采用的爆破施工，但土質分布不均勻，它的地形特點就是孔隙大，壓縮變形大，特別靈敏。很容易引起周邊環境變化，地下水極為豐富，這對施工是很不利的，沒想到運營又出現滲水道床上浮事故。