萬福寺位於福建省福清縣漁溪鎮的黃檗山。 萬福寺創建於唐貞元五年(公元789)。自唐以後，歷代興廢不壹，明朝時期多次修建，明萬歷四十二年(1614)皇帝禦賜萬福禪寺匾額。1928年，寺被山洪沖毀。福建省佛教協會成立了修建委員會，對萬福寺進行了修復。 清順治九年(1652)，日本長崎華僧所建的興福寺住持逸然及唐三寺各位護法，多次度海聯名邀請該寺的隱元東渡弘揚佛法。1654年5月隱元率領徒眾三十人南行，7月5 日抵達日本長崎。到達日本後，又得到天皇和德川幕府德川家康將軍的優待，在京都宇治賜地建立寺廟。新寺建成後，隱元不忘故山，命名黃檗山萬福寺，並創立壹新宗派，與日本原有的臨濟、曹洞並立，稱為黃檗宗。後來日本黃檗宗僧侶就稱福建的祖寺為古黃檗，稱京都的新寺為新黃檗。日本黃檗山的建築規模、叢林制度和宗教儀式等，完全仿照福清黃檗山的形式，今猶保存三百年前隱元時代的規模。其最初十幾代的住持，多由中國渡日的僧侶擔任。清中葉後，中日黃檗山僧侶的往來瀕於停滯。 1979年，日本黃檗宗各寺以宗議會議長吉井鳩峰為團長，組成古黃檗拜塔友好訪華團，來到福州黃檗山萬福寺拜塔禮祖，恢復了中斷已久的中日兩國黃檗山佛教的友好聯系。其後，日中友好臨黃(臨濟與黃檗)協會又多次組團來華訪問。1983年，他們在黃檗山建立了壹座日本黃檗山萬福寺開山隱元禪師東渡振錫之地碑以作紀念。 1983年，萬福寺被定為漢族地區全國重點寺院。