飛龍專業航空公司主要經營通用航空領域，可從事人工降雨、航空物探、航空遙感、農化作業、護林防火、廣告飛行、包機服務、航空攝影、航空遊覽、海洋監測、飛播造林、航空救護、極地考察、飛行試驗、空中跳傘、電力巡線、航空培訓等作業項目，以及航空器托管服務、航空器維修和改裝等業務。作業範圍遍布全國，是中國機隊規範最大、作業範圍最廣、作業項目最全的通用航空公司。飛龍航空公司航修廠是取得中國民航維修許可證和中國人民解放軍陸航部維修許可證的維修單位。2006年，飛龍航空公司首家通過中國民用航空總局審定，成為中國首家進入支線航空運輸市場的商業運輸運營人，以哈爾濱為基地，經營短途航線。
1988年，獲得新疆吐魯番盆地、塔克拉瑪幹沙漠的航空物探任務。1987年以來，先後托管國家海洋局的三架海監飛機，執行中國的海洋執法、海洋監測等任務。1999年，派出二架直升機隨乘雪龍號科學考察船前往南極進行科學考察，是中國首家進入極地飛行的航空公司。2007年俄制米-26TC型重型直升機交付飛龍航空公司。2008年四川汶川大地震中飛龍航空公司的米-26直升機參與救險，米-26吊掛挖掘機等大型機械設備向堰塞湖壩頂運送。
飛龍航空公司始終堅持“安全第壹，預防為主”的方針，把飛行安全作為公司的立業之本。1999年首次獲得中國民航總局頒發的通用航空安全最高獎“金鷗杯”，2004、2005年又兩次蟬聯“金鷗杯”。
截至2007年飛龍航空公司擁有49架飛機，其中固定翼飛機29架；直升機20架。
2009年向臺南水災重災區支援提供了設備。