(1)辦公室
負責起草全市住房公積金管理運營的辦法和制度。負責幹部人事、工資和員工計劃生育管理；負責工會、職工的教育培訓和思想政治工作；負責行政事務、新聞宣傳、文秘綜合、檔案管理、會議組織、後勤服務和保障工作，以及對外聯絡和接待工作；負責住房公積金統計信息的收集、分析和預測，負責住房公積金計算機網絡的管理和建設，確保系統安全運行；組織全市住房公積金的歸集、傳遞、交換、歸集、應用和管理。
(2)收款管理科
負責全市住房公積金繳存相關政策的制定和宣傳；編制全市住房公積金年度歸集計劃；負責全市住房公積金歸集和提取業務的檢查、指導和培訓；定期分析住房公積金歸集的現狀和存在的問題，提出解決辦法和有效措施。
(3)貸款管理科
負責全市住房公積金貸款相關政策的制定和宣傳；編制全市住房公積金年度貸款發放計劃；檢查、指導和培訓全市住房公積金貸款業務；定期分析住房公積金貸款的現狀和存在的問題，提出解決方案，制定有效措施；住房公積金逾期貸款的催收。
(4)會計部門
負責住房公積金的財務管理和會計核算，以及單位資金和財產管理的會計核算，擬定財務管理和會計核算實施細則:負責編制住房公積金年度預決算，做好財務分析和預算，定期向住房公積金管理委員會和財務部門提交財務報告，負責住房公積金的保管和歸還。
(5)審計監督科
負責內部審計檢查的實施，包括審批事項、系統建設內部管理和數據報送；負責對受委托銀行辦理公積金住房貸款業務的檢查和指導；負責督促受托銀行按時收回本息，催收逾期貸款；負責個人住房貸款抵押文件和檔案的管理；負責全市各單位公積金政策的執行，對拒繳、少繳、挪用公積金等違法行為進行行政執法。