1)增強免疫
幹擾素、白細胞介素等生物活性肽能夠激活和調節機體免疫反應，顯著提高人體外周血液淋巴細胞的增殖。動物實驗和臨床研究證明胸腺5肽對免疫功能低下和自身免疫疾病患者的免疫功能具有重要的調節作用。
另有研究顯示，蛋白水解產生的壹些小分子肽具有免疫活性作用。它們不僅能增強機體的免疫力，而且能刺激機體淋巴細胞的增殖和增強巨噬細胞的吞噬能力。這些免疫活性肽可與腸黏膜結和淋巴組織相互作用，而且也可以進入血液與外周淋巴細胞發生作用。此外，小分子肽還可以增強肝細胞活力，有效地調整淋巴T細胞亞群的功能，增強體液免疫和細胞免疫功能，從根本上提高人體免疫力，是治療和預防各種肝病的有效制劑。
李曉玉等研究發現，酶解卵白蛋白小分子肽具有激活免疫系統的作用，可以明顯使淋巴細胞數量增加、活性增加，對B細胞的功能（抗體的生成）有很明顯的促進作用，對T淋巴細胞的增殖也有很明顯的促進作用。
2）抗菌、抗病毒
世界上發現的第壹種抗菌肽是天蠶素，是由瑞典科學家Boman等人在1980年用蠟狀芽孢桿菌（bacillus cereus）誘導惜古比天蠶（hyalophora cecropia）後產生出的有抗菌活性的多肽物質，定名為天蠶素（cecropins）。隨後又在其他生物體內陸續發現了多種抗菌肽，如蛙皮素(magainins)、蜂毒素（melittins）、防禦素（defensins）等。目前世界上已知的抗菌肽***有1200多種。由於最初人們發現這類活性多肽對細菌具有廣譜高效的殺菌活性，因而命名為抗菌肽。
國內外研究成果表明，抗菌肽不僅有廣譜抗細菌能力，對部分細菌、真菌、原蟲、病毒及癌細胞等均具有強大的殺傷作用。臨床試驗也表明，在機體感染病菌或可能導致病菌感染的情況下，抗菌肽能夠快速殺滅已侵入的病菌，並且能阻止病菌的繼續感染。自從發現抗菌肽以來，人們已對抗菌肽的作用機理進行了大量研究，目前已知其作用機理是抗菌肽作用於細菌細胞膜，可通過增加細胞膜的通透性來殺死微生物。
由於全球抗生素藥物的濫用，越來越多的細菌可能發展成為對傳統抗生素耐藥的菌株。人們迫切地尋找能夠代替傳統抗生素的藥物，從而使得抗菌肽受到廣泛的重視。
3）抗氧化，延緩衰老
抗氧化活性肽是最近被廣泛研究的壹類天然活性肽，它們能夠有效清除體內多余的活性氧自由基，保護細胞膜和線粒體的正常結構，防止脂質過氧化，而氧化與人類的自然老化和許多疾病諸如癌癥、糖尿病、動脈硬化和老年癡呆等的發生發展有密切關系。
肌肽和谷胱甘肽等抗氧化活性肽研究得最多。肌肽是大量存在於動物肌肉中的壹種天然2肽，它可以在體外抑制被鐵、血紅蛋白、脂質氧化酶和單肽氧催化的脂質氧化作用。
谷胱甘肽（glutathione，GSH）是壹種由谷氨酸、半胱氨酸和甘氨酸結合而成的3肽。
谷胱甘肽的生物學功能很多，如
它能保護細胞膜免受自由基氧化損傷；
能保護酶分子中的-SH基，有利於酶活性的發揮，並且能恢復已被破壞的酶分子中-SH基的活性功能，使酶重新恢復活性；
能保護血紅蛋白不受過氧化氫氧化、自由基等氧化從而使它持續正常發揮運輸氧的能力；
能抑制乙醇侵害肝產生脂肪肝；
能與進入機體的有毒化合物、重金屬離子或致癌物質等相結合並促其排出體外，起到中和解毒的作用；
能對由放射線、放射性藥物或由於抗腫瘤藥物所引起的白細胞減少等癥狀起到很好的緩解作用；
能減少色素沈著的發生，阻止和推遲老年斑的出現等。
近幾年，來源於食物蛋白的抗氧化活性肽，由於具有良好的抗氧化活性，而且安全性高，備受國內外科學工作者的關註。大豆多肽是目前研究比較多的食源性生物活性肽。研究表明，大豆生物活性肽除了具有如抑制血壓升高、抗疲勞、增強免疫功能及降低膽固醇等許多生理功能外，還具有良好的抗氧化作用。榮建華等研究發現，大豆分離蛋白經中性蛋白酶酶解，酶解物具有較強的抗氧化活性，在濃度為0.1~250mg/ml範圍內對·OH都有明顯的清除作用。
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