1、化學分子式不同
東莨菪堿的分子式為C17H21NO4，山茛菪堿的分子式為C17H23NO4。
2、別稱不同
東莨菪堿：9-甲基-3-氧雜-9-氮雜三環，山茛菪堿：7-羥基莨菪堿；消旋氫溴酸山莨菪堿；山莨菪堿氫溴酸鹽。
3、用途不同
東莨菪堿為顛茄中藥理作用最強的壹種生物堿，可用於阻斷副交感神經，也可用作中樞神經系統抑制劑。它的作用類似顛茄堿，但作用較強且較短暫。臨床用的壹般是它的氫溴酸鹽,可用於麻醉鎮痛、止咳、平喘,對動暈癥有效，也可用於控制帕金森病的僵硬和震顫。
山莨菪堿有明顯的外周抗膽堿作用，能對抗乙酰膽堿引起的腸及膀胱平滑肌收縮和血壓下降，並能使在體腸張力降低，作用強度與阿托品近似。
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