(1)綜合部。
負責黨務、政務和日常管理工作；貫徹國家、省、州住房公積金政策，建立健全管理中心各項規章制度，協調各部門制定住房公積金具體管理辦法；負責文秘、機要、信息、宣傳、會議、督查、檔案、信訪、後勤行政等工作；負責紀檢、監察和黨風廉政建設的日常工作；負責幹部人事、勞動和社會保障工作；負責管理中心的目標管理和政務公開工作。
(2)信息管理科。
貫徹和宣傳國家、省、州住房公積金政策，制定住房公積金科技信息工作的具體管理辦法；負責制定和實施住房公積金管理信息化建設計劃，為歸集、提取、信貸、核算等業務工作提供技術支持和服務；負責住房公積金業務管理信息系統的管理、維護、信息安全、保密和數據備份；負責辦公網絡系統硬件和軟件的管理和維護；負責與省住房和城鄉建設廳、州財政局、州人民銀行及受委托商業銀行的網絡連接及相關業務數據對接。
(3)委托信貸部門。
貫徹執行國家、省、州住房公積金政策，擬定住房公積金貸款業務相關管理文件；編制住房公積金年度貸款計劃及其執行情況的報告；負責住房公積金貸款計劃的任務分解、組織實施，並對各管理部的住房公積金貸款業務進行指導、監督和檢查；負責協調、指導和監督受委托銀行辦理住房公積金貸款業務；負責住房公積金貸款的審核、發放和歸集；負責住房公積金貸款檔案的規範化管理；負責住房公積金貸款政策的宣傳、咨詢、解答和信息反饋；負責住房公積金貸款業務數據的前臺錄入和管理。
(4)收藏管理科。
貫徹執行國家、省、州住房公積金政策，擬定住房公積金繳存管理業務相關管理文件；負責編制住房公積金年度歸集計劃和執行報告；負責住房公積金歸集計劃的任務分解、組織實施，指導各管理部的住房公積金歸集業務；審核辦理職工住房公積金提取、轉移、存儲手續，為職工出具住房公積金繳存的有效憑證；審核單位提高和降低住房公積金繳存比例或者緩繳住房公積金的申請並提出意見；負責住房公積金繳存、提取等業務檔案的規範歸檔和移交；負責住房公積金繳存提取數據的前臺錄入及繳存職工個人信息(姓名、身份證號)的核實和變更；負責住房公積金繳存和提取政策的宣傳、咨詢、解答和信息反饋。
(5)會計科。
1.貫徹國家、省、州住房公積金政策，制定住房公積金會計核算和財務管理實施辦法；編制和執行住房公積金年度使用計劃並報告計劃執行情況；編制住房公積金年度預決算報告，起草向社會公布的年度財務報告工作底稿；核算職工住房公積金的繳存、提取和使用情況，並定期與受委托銀行對賬；編制住房公積金會計報表和財務分析報告；負責提出利用住房公積金購買國債和定期存款的計劃，並組織實施；負責住房公積金業務管理信息系統後臺數據庫的管理，確保所有數據的準確、真實、完整；負責住房公積金會計憑證、會計賬簿、會計報表的印制裝訂管理和會計檔案的移交。
2 .負責編制中心業務經費的財務收支預算，按規定做好中心業務經費的日常財務管理、會計核算和決算工作；加強中心各類資產管理，完善資產登記和清查制度，防止國有資產流失，確保資產安全完整；及時編制和報送各項業務經費的會計和統計報表；加強公用經費會計基礎管理，對管理部門財務報銷人員進行專業指導和培訓，監督其執行財務政策和相關規章制度；會同有關部門管理中央會計人員的職稱、繼續教育、考核、獎懲；負責管理中心業務費用的會計檔案；完成省住建廳、州財政、審計等相關部門安排的相關工作；完成中心交辦的相關工作。
(6)執法監督和審計科。
建立健全州住房公積金管理中心內部控制制度並組織實施，監督檢查各管理部門內部控制制度的執行情況；對住房公積金歸集、使用和貸款業務的合規性進行審計、監督和檢查；對未辦理住房公積金繳存登記或者未為本單位職工設立住房公積金賬戶以及逾期不繳或者少繳住房公積金的單位實施行政執法，申請人民法院強制執行；依法對住房公積金逾期貸款本息進行訴訟和處置。
(七)州管理部(州住房資金管理中心)。
1.在州住房公積金管理中心的領導和授權範圍內，履行相應的管理職責和行政執法工作。執行州住房公積金管理委員會批準的住房公積金歸集、使用計劃和繳存比例；負責職工住房公積金的歸集、提取、貸款等具體管理工作；負責建立州級範圍內的職工住房公積金明細賬戶，具體記錄職工住房公積金的繳存、提取和使用情況；審核各單位住房公積金繳存比例，受理住房公積金提取申請和住房公積金貸款申請；承辦州住房公積金管理中心決定的其他事項。
2負責國家級房改資金的管理，包括房改資金總賬、單位二級賬戶的建立和各單位房改資金的審批；繼續完成州級行政、企事業單位住房制度改革，辦理州級職工土地收益繳納，辦理房改“掛牌證明”，兌現職工住房存量補貼。
(八)16縣市管理部門:
1.黔東南州住房公積金管理中心凱裏管理部
2.黔東南住房公積金管理中心丹寨縣管理部
3.黔東南住房公積金管理中心麻江縣管理部
4.黔東南住房公積金管理中心黃平縣管理部
5.黔東南州住房公積金管理中心海濱管理部
6.黔東南州住房公積金管理中心鎮遠縣管理部
7.黔東南住房公積金管理中心岑鞏縣管理部
8.黔東南住房公積金管理中心三穗縣管理部
9.黔東南住房公積金管理中心天祝縣管理部
10.黔東南州住房公積金管理中心金平管理部
11.黔東南住房公積金管理中心黎平縣管理部
12.黔東南州住房公積金管理中心從江縣管理部
13.黔東南住房公積金管理中心榕江縣管理部
14.黔東南州住房公積金管理中心雷山縣管理部
15.黔東南州住房公積金管理中心臺江縣管理部
16.黔東南住房公積金管理中心劍河縣管理部
在州住房公積金管理中心的領導和授權範圍內，履行相應的管理職責和行政執法工作。執行州住房公積金管理委員會批準的住房公積金歸集、使用計劃和繳存比例；負責職工住房公積金的歸集、提取、貸款等具體管理工作；負責建立縣市範圍內的職工住房公積金明細賬戶，具體記錄職工住房公積金的繳存、提取和使用情況；審核各單位住房公積金繳存比例，受理住房公積金提取申請和住房公積金貸款申請；承辦州住房公積金管理中心決定的其他事項。
紀檢監察機構國家紀委派駐州住房公積金管理中心紀檢組，國家監察局派駐州住房公積金管理中心監察室，負責州住房公積金管理中心紀檢監察工作。