自治區人民政府林業草原行政主管部門主管保護區的工作，其所屬的保護區管理機構負責保護和管理的具體工作。
保護區所在地的旗縣級以上人民政府生態環境、林業草原、公安、農牧業、水利、自然資源、旅遊等部門應當按照各自職責，做好保護區的保護和管理相關工作。第八條 保護區管理機構的主要職責是：
（壹）執行國家和自治區有關法律、法規、規章和方針、政策；
（二）負責組織實施保護區總體規劃，制定和實施各項管理制度；
（三）負責保護區內生態保護與建設項目的申報實施工作；
（四）負責保護區內自然環境、自然資源的保護和管理工作；
（五）調查保護區內自然資源並建立檔案及數據庫，組織環境監測；
（六）組織開展科學研究和宣傳教育活動；
（七）在不影響保護區的自然環境和自然資源的前提下，按照保護區總體規劃，組織開展參觀、旅遊等活動；
（八）依法查處破壞保護區內自然資源、自然環境、保護設施的違法行為。第九條 任何單位和個人都有保護保護區的義務，並有權對破壞自然資源、自然環境等行為進行制止、檢舉和控告。第十條 保護區所在地旗縣級以上人民政府應當對在保護區建設、保護和管理以及科學研究中做出顯著成績的單位和個人，給予表彰獎勵。第二章 規劃和資源環境保護第十壹條 保護區總體規劃由自治區人民政府林業草原行政主管部門會同發展和改革、住房和城鄉建設、生態環境、農牧業、水利、自然資源、旅遊等相關部門及保護區所在地人民政府編制。
編制保護區總體規劃應當經過論證會、聽證會等程序，廣泛征求有關單位和公眾的意見，經自治區自然保護區評審委員會評審後，報國務院林業草原行政主管部門批準。保護區總體規劃應當向社會公布。
經批準的保護區總體規劃應當嚴格執行，任何單位和個人不得擅自變更；確需變更的，應當按照原批準程序報批。第十二條 保護區管理機構應當根據國務院批準的保護區的範圍和界線，設置保護區區界標誌和功能區區界標誌，並報請自治區人民政府予以公告。
未經原審批機關批準，任何單位和個人不得改變保護區的性質及區界範圍。
任何單位和個人不得破壞或者擅自移動保護區的界標及其他保護設施。第十三條 保護區劃分為核心區、緩沖區和實驗區。
核心區為保存完好的天然狀態的生態系統以及珍稀、瀕危動植物的集中分布地，任何單位和個人不得擅自進入。
核心區外圍為緩沖區，只準進入從事教學科研觀測活動。
緩沖區外圍為實驗區，可以進行科學試驗、教學實習、參觀考察、旅遊以及保護、人工繁育珍稀、瀕危野生動植物等活動。第十四條 呼和浩特市人民政府、包頭市人民政府、烏蘭察布市人民政府應當制定本轄區保護區生態移民規劃，核心區應當逐步實現無人居住，緩沖區和實驗區應當逐步減少居住人口。第十五條 在保護區內的單位、居民和經批準進入保護區的人員，應當遵守保護區的各項管理制度，服從保護區管理機構的管理。因其生活和生產經營活動造成保護區自然資源和自然環境損害的，應當采取措施恢復生態環境。