醫院設有婦科、 產科、兒科、乳腺科、兒童保健系列科、優生遺傳咨詢門診、婚前保健門診、生殖健康門診等科室及目前國內首創設在婦幼保健機構內的婦女兒童心理健康咨詢中心和生殖保健服務指導中心，分娩數居全市前列。醫院在婦科領域開展微創手術，如宮腔鏡、腹腔鏡下的各種手術，不孕癥的介入治療等。專業技術水平在區內達到了領先地位，其中兒童保健早期教育、宮頸病門診被評為了浦東新區社發局醫療重點學科。
浦東新區婦幼保健院是開展出生缺陷壹級預防的專業醫院。醫院成立了由多學科專家***同組成的專家指導組，負責出生缺陷壹級預防工作的檢測、技術咨詢和指導，建立孕育檔案，采集出生缺陷和遺傳性疾病人群的資料，通報人口計生部門。醫院為切實提高全區育齡群眾的優生優育意識，努力降低出生缺陷病殘兒的發生率，全面提高我區出生人口素質做出了積極的貢獻。