1.主體資格和經營範圍的風險第三方支付，從事的業務介於網絡運營和金融服務之間，其法律地位尚不明確。雖然多數第三方支付試圖確立自己是為用戶提供網絡代收代付的中介地位，但是從所有這些第三方支付實際業務運行來看，支付中介服務實質上類似於結算業務。此外，在為買方和賣方提供第三方擔保的同時平臺上積聚了大量在途資金，表現出類似銀行吸收存款的功能。按照中國《商業銀行法》規定，吸收存款，發放貸款，辦理結算是銀行的專有業務。第三方支付平臺經營的業務已突破了現有的壹些特許經營的限制，究竟應當如何定位，是我們應該深思的問題。
2.在途資金和虛擬賬戶資金沈澱的風險在支付過程中，無論是第三方支付平臺模式還是內部交易模式，都有壹種資金吸存行為，當吸收的資金達到相當的規模以後，就產生了資金安全問題和支付風險問題。
（1）在第三方支付平臺模式中，沈澱下來的在途資金往往放在第三方在銀行開立的賬戶中，壹般商家的資金會滯留兩天至數周不等，這部分在途資金，可能發生的風險有：第壹，在途資金的不斷加大，使得第三方支付平臺本身信用風險指數加大。第三方支付平臺為網上交易雙方提供擔保，那麽誰來為第三方提供擔保?第二，第三方支付平臺中有大量資金沈澱，如果缺乏有效的流動性管理，則可能引發支付風險。
（2）在內部交易模式下，涉及到虛擬貨幣的發行和使用。目前虛擬貨幣尚未納入央行的監管範圍，且遊離於銀行系統之外，難以跟蹤平臺內部的資金流向，它將對現實社會產生什麽樣的影響還不明確。但目前虛擬貨幣的發行是完全不受控制的，當越來越多的人認可和使用虛擬貨幣後，壹旦虛擬貨幣與現實貨幣對接出現問題時，將是壹個巨大的災難。沒有人願意為這種風險買單，也買不起。
3.《反洗錢法》帶來的洗錢風險央行在發布的《反洗錢報告》中稱，網上銀行在銀行業務中占據的比重上升迅速，而且交易大都通過電話、計算機網絡進行，銀行和客戶很少見面，這給銀行了解客戶帶來了很大的難度，也成為洗錢風險的易發、高發領域。
銀行關系
第三方支付平臺和銀行的微妙關系
第三方支付平臺和銀行的關系比較微妙。第三方支付壹旦做大，將與銀行的網上銀行及網上支付搶生意，甚至有可能會取得銀行牌照、變身做零售銀行的可能，因此它的靠山銀行絕對不會養虎為患。反過來說，第三方支付也為將來銀行推出網上電子支付業務扮演了排頭兵沖鋒陷陣的角色，使銀行網上電子支付業務的推出更容易壹些，因此銀行目前也不想做得太絕，把其扼殺在搖籃中，這有點卸磨殺驢之嫌。但還是那句話，在商場上只有永遠的利益沒有永遠的朋友！
第三方支付與銀行的業務沖突
第三方支付與銀行的業務沖突目前看來不是很明顯，但在不遠的將來就會越來越明顯，但如前所述，由於第三方支付在以前也為銀行做了不少有益的事，馬上翻臉扼殺第三方支付銀行可能也有所顧忌，因此銀行業為了避免同第三方支付企業撕破臉，就曾給第三方支付企業指出壹條出路，某銀行行長就曾直言不諱的表示：“如果是C2C的形式，第三方支付就很有存在的必要。因為賣家眾多、也比較零散，管理需要耗費很多時間，銀行的精力有限； 但如果是B2C，壹些大商戶不見得比第三方支付機構能力弱，在這種情況下，銀行直接介入就可以了。”言下之意，第三方支付還是到C2C去發展吧。可是 C2C平臺基本上都有自己的支付平臺，這條路能走得通嗎？
目前國內比較暢銷的第三方支付平臺即為支付寶，支付寶目前已經在全國各地開通手機繳費、煤氣水電繳費等等，而這些不就是B2C麽？而阿裏巴巴公司旗下兼容B2B、B2C、C2C，顧名思義，唯有支付寶可以在中國行得通、走得遠。
相關政策
中國人民銀行21日發布央行令，制定並出臺《非金融機構支付服務管理辦法》，規範非金融機構支付業務，《辦法》於2010年9月1日起施行。
根據《辦法》，非金融機構支付服務主要包括網絡支付、預付卡的發行與受理、銀行卡收單以及央行確定的其他支付服務。其中網絡支付行為包括貨幣匯兌、互聯網支付、移動電話支付、固定電話支付、數字電視支付等。
《辦法》明確規定，非金融機構提供支付服務，應當依據本辦法規定取得《支付業務許可證》，成為支付機構。支付機構依法接受中國人民銀行的監督管理。未經中國人民銀行批準，任何非金融機構和個人不得從事或變相從事支付業務。
對於支付業務申請人資格，《辦法》規定，申請人擬在全國範圍內從事支付業務的，其註冊資本最低限額為1億元人民幣；擬在省、自治區、直轄市範圍內從事支付業務的，其註冊資本最低限額為3000萬元人民幣。註冊資本最低限額為實繳貨幣資本。
《辦法》規定，支付機構之間的貨幣資金轉移應當委托銀行業金融機構辦理，不得通過支付機構相互存放貨幣資金或委托其他支付機構等形式辦理。支付機構不得辦理銀行業金融機構之間的貨幣資金轉移。
《非金融機構支付服務管理辦法實施細則》
在客戶合法權益保障方案方面，《征求意見稿》明確對客戶知情權的保護措施，明確告知客戶終止支付業務的原因、停止受理客戶委托支付業務的時間、擬終止支付業務的後續安排等；對客戶隱私權的保護措施，明確客戶身份基本資訊的接收機構及其移交安排、銷毀方式及其監督安排等；對客戶選擇權的保護措施，明確可供客戶選擇的、兩個以上客戶備付金退還方案等。客戶合法權益保障方案涉及其他支付機構的，還應當提交與所涉支付機構簽訂的客戶身份基本資訊移交協定、客戶備付金退還安排等證明文件。
在收費項目和收費標準方面，《征求意見稿》明確，支付機構應當根據法律法規、部門規章的有關規定確定其支付業務的收費專案和收費標準。法律法規、部門規章未明確支付業務的收費項目和收費標準的，支付機構可以按照市場原則合理確定其支付業務的收費項目和收費標準。支付機構應當在營業場所顯著位置披露其支付業務的收費專案和收費標準。支付機構有互聯網網站的，還應當在網站主頁顯著位置進行披露。
此外，支付機構調整支付業務的收費專案或收費標準的，應當綜合考慮市場供求關系、客戶承受能力等因素。支付機構在實施新的支付業務收費專案或收費標準之前，應當在營業場所顯著位置連續公示調整事項30日。支付機構有互聯網網站的，還應當在網站主頁顯著位置進行公示；支付機構應當在每個會計年度結束之日起4個月內將上壹會計年度經會計師事務所審計的財務會計報告等報送所在地中國人民銀行分支機構；支付機構在《支付業務許可證》有效期內的任壹會計年度內虧損或連續多個會計年度內累計虧損超過其實繳貨幣資本的40%的，應當在下壹會計年度的每季度結束之日起1個月內提交經會計師事務所審計的上壹季度財務會計報告等。