1)辦公室: 負責處理局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責全局綜合性會議組織、秘書事務、文電處理、新聞信息、文字綜合、辦公自動化、信訪、保密、稅收宣傳工作；負責工作督查、督辦和催辦局領導班子會議決定、省局和市委、市政府交辦的相關工作；負責人大代表建議和政協委員提案的督查督辦工作；負責 市政府各項目標考核工作的落實； 負責稅收科（調）研、綜合調查和專題調研工作；牽頭組織修定機關內部工作規則；負責局黨組會、局務會、局長辦公會記錄；負責市區地稅系統報刊征訂發行工作；負責市局會議室（報告廳）的調度和使用；負責市局機關圖書閱覽室的管理；負責文書檔案管理工作；完成市局領導和上級部門交辦的工作任務。
負責人：唐愛國
2)後勤服務中心:
負責擬定後勤服務工作的規章制度和管理辦法並組織實施和檢查；負責市局辦公區地域內的安全、衛生以及設備設施的維護與運行工作；負責市局全局性工作會議的會務保障工作，做好各類文體活動室（場）的後勤服務工作；負責來人接待工作；負責市局公有房屋的管理和維護、維修工作；積極協助其他職能部門做好政府采購工作，負責市區地稅系統辦公物資及設備的保管、分配使用、維修以及辦理固定資產處置手續；負責市局車輛的購置、配備、調整、更新工作，保障市區地稅系統各類公務用車、會議用車；負責對駕駛員的經常性管理與教育工作；負責職工食堂餐飲服務管理工作；負責市局辦公區內外環境美化綠化工作；負責參加當地政府（街道）組織的綜合治理、治安防範、交通安全、戶籍管理等社會性工作; 組織後勤經營工作；完成市局領導和上級部門交辦的工作任務。
負責人：黃衛東
3)人事處:
負責全市地稅系統人事管理工作，管理幹部人事、勞動工資、機構編制等工作；按照幹部管理權限，負責領導班子建設和後備幹部隊伍建設；負責對市局機關和直屬部門的人事管理工作；負責出國（境）人員的審查、報批工作；負責老幹部的服務、管理工作。另按有關規定做好機關黨務工作；完成市局領導和上級部門交辦的工作任務。
負責人：王波
4)監察室:
負責全市地稅系統紀檢監察工作；負責全市地稅系統黨風廉政建設工作；負責軟環境建設和行風建設評比工作；負責辦理有關人民來信來訪工作；負責違法違紀案件查處工作；負責組織內部財務審計和執法工作；完成市局領導和上級部門交辦的工作任務。
負責人：張紅兵
5)基層工作處:
負責全市地稅系統的思想政治工作和文化體育工作；負責全市地稅系統的精神文明建設工作；負責全市地稅系統幹部學歷教育和教育培訓工作；負責全系統規範化管理綜合考核工作；負責系統內先進集體、先進個人的評選表彰和基層建設，以及負責全市地稅系統規範化管理和綜合考核等工作；完成市局領導和上級部門交辦的工作任務。
負責人：徐亞東
6)計劃財務處:
貫徹執行稅收計劃、會計、統計制度；負責全市地方稅源的預測和重點稅源監控管理工作；負責各項地方稅收收入計劃的編制、分配、考核、分析和信息數據的匯總、統計、審核工作；負責全市地稅系統經費、財務、制服、固定資產的管理和監督；負責辦理全市地稅系統各類稅收票證的印制、發放和管理工作；負責全市稅收會計核算、市區會計統計報表工作；負責市區各類社會保險費的入庫、核算、劃解等管理工作；負責市區各項基金、費的入庫、核算、劃撥等管理工作；負責市區稅收退庫的管理工作；負責市區財務收支、報帳、核算工作，負責市區代征代扣手續費管理工作；負責全市稅銀庫聯網協調、維護和管理工作；參與內部審計工作；完成市局領導和上級部門交辦的工作任務。
負責人：張文虎
7)征收管理處:
組織實施稅收征管法律、法規及規章、制度；結合實際研究制定加強征收管理的制度辦法；負責稅務登記、納稅申報、普通發票和稅收征管資料的管理，以及地方稅滯補罰收入管理；負責指導個體、私營和零散稅收的征管工作；負責緩繳稅款的審核、呆帳稅金的認定和死欠稅金核銷的審核；負責欠稅及日常稽核工作的管理工作；完成市局領導和上級部門交辦的工作任務。
負責人：盧李華
8)稅政壹處:
負責營業稅、城市維護建設稅、房產稅（城市房地產稅）、城鎮土地使用稅、土地增值稅、印花稅、車船使用稅（車船使用牌照稅）、資源稅及教育費附加、文化事業建設費等稅政業務和征收管理工作；負責國際（涉外）稅收業務的管理和協調；組織和指導全市上述各項稅收工作的開展。
負責人：王愛民
9) 稅政二處 ( 基金管理處 ) :
負責企業所得稅、個人所得稅等稅政業務和征收管理以及城鎮集體企業和私營企業的財務監督檢查工作；負責國務院和省政府指定的各項基金和費的征收管理工作；按照稅收管理權限，制定具體征收管理辦法，處理執行稅收政策中的有關事項；組織和指導全市上述各項稅收工作的開展；完成市局領導和上級部門交辦的工作任務。
負責人：
10)政策法規處:
負責對地方稅收執法情況的執法監督檢查；承辦重大稅務案件的審理和行政處罰工作；辦理稅務行政訴訟、稅務行政處罰聽證、稅務行政復議和稅務行政賠償工作；負責稅收執法責任制的落實工作；負責地方稅收法制工作的調查研究和普法工作；負責規範性文件的會簽會辦、備查備案工作和制定地方稅收規範性文件；承擔有關稅收法規文件的清理、鑒定和匯編工作；開展稅務行政許可相關工作。完成局領導分配的其它工作；完成市局領導和上級部門交辦的工作任務。
負責人：杜美霞
11)機關黨委、工會辦公室
負責市區機關黨務工作、工會工作和扶貧工作；完成市局領導和上級部門交辦的工作任務。
黨辦負責人：賀榮忠
12)工會負責人：孫漢東
13)納稅服務處：
負責市區地稅系統辦稅服務廳、12366服務熱線、網站等納稅服務平臺建設與管理；組織與協調實施市區地稅系統納稅輔導咨詢、稅收法律救濟（不含行政復議與訴訟）等工作；負責全系統納稅服務體系建設，制定並組織實施納稅服務工作規範，具體操作流程及相關法律制度，負責縣區地稅系統納稅服務工作指導。
12366 納稅服務中心
12366 納稅服務中心負責及時提供有關辦稅指南、稅務公告，解答涉及地方稅收法律、法規、規章和政策的咨詢，解答有關地方基（資）金及行政事業性收費項目、費率等內容的咨詢，機構查詢，發票咨詢、提供其他涉及地方稅收問題的解答等方面的咨詢等工作。
負責人：陳述榮 1 ) 第壹稅務分局
負責淮安市市區範圍內納稅人的稅務登記、發票管理、宣傳培訓和納稅服務工作。具體為：貫徹執行國家的各項地方稅收法律、法規、規章和省、市有關規定；負責市區範圍內所有納稅人的稅收政策咨詢；負責稅收政策信息的發布；負責納稅人對涉稅信息資料的查詢受理及信息提供；負責納稅人的投訴、來訪處理；負責對納稅人的涉稅事項的培訓的協調、計劃制定、安排落實工作；負責 12366納稅服務中心的管理及日常運轉；負責與工商、國稅、技術監督、編委、民政、金融及公安等部門的信息交換；負責市區範圍內所有納稅人的開業、註冊、變更、驗證、換證工作；負責與信息處及市區其它稅務分局的信息交換；負責上報市局有關稅務登記信息；負責電子地圖定位及納稅人戶籍管理；負責納稅資料的計劃上報、購領、發放工作；負責納稅人發票的計劃制定、審批、購領、發售、繳銷工作； 負責 做好納稅服務工作； 負責完成市局交辦的其它工作。
負責人：陳述榮
2 ) 第二稅務分局
負責制定全市地稅系統稅收信息工作規劃並組織實施；負責信息資源的統壹管理、提供信息服務和技術保障；負責稅務管理工作中的資料管理、數據采集、加工分析和信息服務工作；參與地稅系統征管軟件的開發和推廣工作；負責全市地稅系統計算機設備的配置、維護和日常管理；負責全市地稅系統信息網絡的建設、維護和管理。
負責人：王中明
3 ) 第三稅務分局
主要負責清河區範圍內納稅人各種涉稅事項申請的受理、調查、審核、審批、報批工作；負責未申報、未入庫 (含社會保險費、各項基金、費)的催報催繳；負責轄區內稅戶動態信息核查；負責組織實施註銷戶調查、發票舉報以及稅務違章調查；負責對稅務違章行為的行政處罰以及管理；負責經濟稅源的調查、預測和監控；負責納稅評估工作、日常稽核和涉外稅務審計；負責納稅人信譽等級評定工作。負責納稅人申報、征收方式的確定，納稅鑒定的日常維護；負責核率征收和定期定額征收的核率（定）工作；完成社保費和各項基金費的收入任務，與市局稽查局同時接受稅收收入任務的考核，責任同擔、獎罰同當;負責個體稅收管理工作，獨自承擔個體稅收收入任務；負責欠稅管理工作，負責清欠征管過程中形成的欠稅；負責辦稅服務廳的日常事務管理及考核； 做好納稅服務工作。 負責完成市局交辦的其它工作。
負責人：趙劍峒
4 ) 第四稅務分局
主要負責清浦區範圍內納稅人各種涉稅事項申請的受理、調查、審核、審批、報批工作； 負責未申報、未入庫 (含社會保險費、各項基金、費)的催報催繳；負責轄區內稅戶動態信息核查； 負責組織實施註銷戶調查、發票舉報以及稅務違章調查；負責對稅務違章行為的行政處罰以及管理；負責經濟稅源的調查、預測和監控；負責納稅評估工作、日常稽核和涉外稅務審計；負責納稅人信譽等級評定工作。負責納稅人申報、征收方式的確定，納稅鑒定的日常維護；負責核率征收和定期定額征收的核率（定）工作；完成社保費和各項基金費的收入任務，與市局稽查局同時接受稅收收入任務的考核，責任同擔、獎罰同當;負責個體稅收管理工作，獨自承擔個體稅收收入任務。負責欠稅管理工作，負責清欠征管過程中形成的欠稅；負責辦稅服務廳的日常事務管理及考核； 做好納稅服務工作。 負責完成市局交辦的其它工作。
負責人：謝中東
5 ) 第五稅務分局
主要負責開發區範圍內納稅人各種涉稅事項申請的受理、調查、審核、審批、報批工作；負責未申報、未入庫 (含社會保險費、各項基金、費)的催報催繳；負責轄區內稅戶動態信息核查； 負責組織實施註銷戶調查、發票舉報以及稅務違章調查； 負責對稅務違章行為的行政處罰以及管理；負責經濟稅源的調查、預測和監控； 負責納稅評估工作、日常稽核和涉外稅務審計； 負責納稅人信譽等級評定工作。負責納稅人申報、征收方式的確定，納稅鑒定的日常維護；負責核率征收和定期定額征收的核率（定）工作；完成社保費和各項基金費的收入任務，與市局稽查局同時接受稅收收入任務的考核，責任同擔、獎罰同當;負責個體稅收管理工作，獨自承擔個體稅收收入任務。負責欠稅管理工作，負責清欠征管過程中形成的欠稅；負責辦稅服務廳的日常事務管理及考核；做好納稅服務工作。負責完成市局交辦的其它工作。
負責人：周維鋒
6 )稽查局
專司偷稅、逃避追繳欠稅、騙稅、抗稅案件的查處 ;完成市局稅收收入、基金收入和社保費目標任務。對全市稅務稽查工作進行業務指導和組織協調，實施日常稽查、專項稽查和專案稽查，建立稅務案件舉報中心，受理各類舉報案件， 組織對稅務案件的審理與執行，建立健全稽查工作制度，強化對稽查工作的考核，對稅收收入任務進行跟蹤管理和分析，確保收入任務的完成，統壹全市稽查的政策執行口徑，統壹檢查標準，組織會審會辦等。
負責人：徐向東