1、包含範圍不同
雙軟認證包括軟件產品評估和軟件企業認證，軟件企業認證是雙軟認證中的最後壹步。
2、要求不同
雙軟認證：只要貴公司擁有壹個能正常運行的軟件產品，就可以申請“雙軟認證”。
軟件企業認證：企業做雙軟認證是申請軟件企業認定的必要條件，即企業具備雙軟資質之後才能被認定為軟件企業。
3、優惠政策不同
雙軟認證讓企業享受國家提供給軟件行業的稅收優惠政策。軟件產品經登記生效後，自2000年6月24日起至2010年底前，對增值稅壹般納稅人銷售其自行開發生產的軟件產品，按17%的法定稅率征收增值稅後，對其增值稅實際稅負超過3%的部分實行即征即退政策。
在我國境內設立的軟件企業可享受企業所得稅優惠政策。新創辦軟件企業經認定後，自獲利年度起，享受企業所得稅"兩免三減半"的優惠政策，即自獲利年度起，第壹年和第二年免征企業所得稅，第三年至第五年減半征收企業所得稅。
百度百科-雙軟認證
百度百科-軟件企業認證