1894年9月生於長汀縣河田鎮伯公嶺村。傅連暲因父母流落到汀州城謀生，從小隨父母加入了基督教會並入讀教會學校。
1911年中學畢業後入汀州福音醫院附設的“亞盛頓醫館”。
1915年冬“醫館”畢業，被聘為汀州八縣旅行醫生、汀州紅十字會主任醫師、福音醫院醫生和“亞盛頓醫館”教員兼汀州省立七中與汀州女子師範學校校醫。
1925年“五卅”慘案發生後，簽名通電反對英、日帝國主義，被推舉為福音醫院院長。
1927年9月南昌起義軍途經汀州時，發動汀州所有醫務人員成立“合組醫院”，無償醫治徐特立、陳慶等300多名傷病員。此後，以其社會職業作掩護，積極從事革命工作。
1929年3月，紅四軍入閩解放汀州城後，領導福音醫院大量收治紅軍傷病員。
1931年後，在汀州先後創辦中國工農紅軍中央看護學校、中央紅色醫務學校，並任校長，為蘇維埃政府和紅軍培訓了壹大批醫護人員。
1933年初參加紅軍，將原福音醫院遷至瑞金改建為中央紅色醫院，任院長。此後，兼任中華蘇維埃***和國國家醫院院長。
1934年10月帶病參加長征。長征途中，克服重重困難，為紅軍傷病員服務，為女紅軍接生，還為周恩來、朱德、劉伯承等中央領導治病保健。過草地時，還舉辦了壹個醫療培訓班。
到達陜北後，於1937年1月奉命在延安組建中央蘇維埃醫院，任院長。
1937年紅軍整編後，任陜甘寧邊區醫院院長。
1938年9月，經毛澤東和陳雲介紹參加了中央黨訓班，後被批準加入中國***產黨。同年冬擔任中央總衛生處處長兼中央醫院院長。
1945年5月參加了中國***產黨第七次全國代表大會10月任中央軍委總衛生部副部長，並繼續負責中央領導的保健工作。
新中國成立後，任中央衛生部副部長，中央軍委總後衛生部第壹副部長。
1950年8月，當選並連任三屆中華醫學會理事長。是中國***產黨第八次全國代表大會代表，全國政協第二、第三屆常務委員。
1955年被授予中將軍銜、二級八壹勛章、壹級獨立自由勛章、壹級解放勛章。
“文化大革命”中，遭受林彪、江青集團的殘酷迫害，1968年3月29日含恨死於秦城監獄。
1973年11月，經毛澤東批示，並經解放軍總政治部批準，追認為革命烈士。
1975年7月經中央軍委批準恢復名譽。9月，解放軍總後勤部為他舉行了安靈儀文。
1978年11月22日，經黨中央批準，總後勤部在首都體育館召開萬人大會，公開為傅連暲平反昭雪，恢復名譽。