三期擴建1.75萬t/d的汙水處理主要接納馬山地區目前尚未接管的各自然村的生活汙水以及馬圩地區生物醫藥區部分新引進企業的生產生活汙水。三期工程主要采用膜生物反應器(MBR)工藝，出水采用二氧化氯消毒，汙泥通過帶式濃縮壓濾脫水處理。