據國家稅法規定，年收入超過12萬元的公民應在3月31日前自行申報納稅，東航雲南分公司飛行員都屬該範疇。所以，地方稅務部門要求該公司在今年1月起按照新稅率繳稅並補交去年個稅。
公司與稅務部門交涉未果，此事在飛行員隊伍中產生了壹定影響，並在3月29日出現《致東航雲南分公司全體飛行員的壹封信》，在壹定程度上反應了部分飛行員對待遇偏低所存在的不滿情緒。
從調查組談話中了解，飛行員對待遇偏低、節油獎發放不合理不透明、跟機無小時費、正常返航或備降無小時費、個人稅率偏高等利益上的訴求長期得不到答復和解決不滿意，同時對管理層與壹線員工缺乏溝通、工作環境不夠和諧、公司凝聚力不強等問題有意見。