壹、性質不同
1、筋骨草性質：黃芩屬植物。
2、伸筋草性質：石松科植物石松的幹燥全草。
二、產地不同
1、筋骨草產地：產吉林，河北，山東，河南，陜西，浙江等地；生於海拔600—1800米間的石坡、潮濕谷地或林下。
2、伸筋草產地：生於疏林下蔭蔽處。分布東北、華東、華南、西南及內蒙古、河南等地。主產浙江、湖北、江蘇等地，湖南、四川亦產。
三、特性不同
1、筋骨草特性：花對生，排列成頂生長4.5-11.5厘米的總狀花序；花約2.5毫米長，在花序軸頂上密被白色茸毛覆蓋；苞片除花序上的上部和下部的壹對大的葉外小，狹披針形，長3-7毫米，寬1-2毫米，全，稀疏覆蓋。
短柔毛的。花萼開花時長約3毫米，結果時長4毫米，密被短柔毛，黃芩開花時高1.5毫米，結果時高4毫米。
2、伸筋草特性：幹燥匍匐莖細長而彎曲，黃色或黃綠色，長30-120厘米，直徑1-3毫米。它是靈活的，不容易打破。破碎的表面幾乎是白色的，裏面有黃色和白色的木芯。黃色和白色的根經常從近直角處看到，皮膚經常脫落。直立莖2分枝。
鱗片葉通常皺曲，濃密在莖上，線形或線形鉆形，黃綠色或黃色，無毛，稍有光澤。葉尖漸尖，芒狀，整片葉不明顯。又薄又脆弱。沒有氣，味道淡。最好有長莖和黃綠色的莖。
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