1、稅務區別：
香港公司稅種少，稅率低，沒有增值稅和營業稅，主要的稅種就是利得稅（相當於國內所得稅，16.5%的稅率）。並且稅制適用的是“地域來源征稅原則”，也就是“業務不在當地運作，利潤來源自海外”可以申請政府豁免利得稅。除了可以免稅以外，香港公司的報稅周期也與大陸不同，是成立公司後第壹次18個月報稅，以後是1年1次，時間非常長。
而大陸公司，稅種比較多有增值稅、營業稅和所得稅，所得稅這塊的報稅1個月就要做1次，並且有利潤的馬上要交稅。所得稅25%稅率非常高。.
2、賬戶性質區別：
香港本身是境外公司，所以以後開設的賬戶不管是大陸離岸帳戶還是香港本地賬戶，都是不受大陸外匯管制的境外賬戶性質。可以自由接收境外客人的貨款，並且不需要結匯。賬戶中有款後可以任意轉到境內、境外的企業和個人賬戶。
如果轉入大陸公司賬戶那麽等同於境外外匯入境，大陸企業可以去辦理核銷和退稅。利潤部分留存在賬戶中也可以轉入大陸個人外匯賬戶，然後結匯使用。