1.辦公室
負責廳機關政務工作的組織協調、文電處理和對外聯絡工作；負責重要會議的組織與協調，起草重要文稿；負責全廳的新聞宣傳、政務信息、外事、機要保密、提案、信訪、檔案管理和安全保衛工作。
2.計劃財務處
組織制定全區建設事業發展戰略和中長期規劃；編制固定資產投資計劃和利用外資計劃；綜合管理各項專項資金的分配使用；按規定辦理有關項目立項的審查或審批；負責廳機關行政及事業專項經費的財務會計核算；負責廳機關、廳屬事業單位的財務管理、國有資產管理；綜合管理行業統計工作、負責建設行業的對外招商引資工作。
3.政策法規處
組織擬訂建設行業的重要政策和改革方案並協調實施；負責綜合性政策調研；擬訂立法計劃，組織地方性建設法規、規章的論證、起草、修改、報批和授權解釋工作；綜合管理建設行政執法監督工作；承辦行政處罰、行政復議和行政應訴代理工作；負責建設行業普法工作。
4.科學技術處
組織編制全區建設行業科技發展戰略、中長期規劃、重點項目計劃；組織重大科技項目的研究開發及引進項目的消化、吸收、創新；管理和組織推廣行業科技成果；指導企業技術進步；指導新型建築材料的推廣應用和建築節能工作。
5.標準定額處
標準定額處組織實施工程建設國家標準、全國統壹定額和行業標準；貫徹執行建設部關於工程造價管理的制度和規定，研究制定全區工程造價管理辦法；組織制定和發布工程建設自治區標準，建設工期定額、建設用地指標，經濟技術參數及評價方法等；對工程建設標準、定額和工程造價管理辦法的執行情況進行監督檢查；負責工程造價咨詢單位和工程造價執業、從業人員資格管理；歸口管理建設行業產品標準的備案及指導質量人證工作；協調處理工程建設標準、定額和造價管理中的問題。
6.建築管理處
研究制定全區建築業發展戰略、產業政策和中長期規劃並指導監督實施；負責指導和規範全區建築市場，擬定規範建築市場各方主體的市場行為以及工程招投標、建設監理、建築安全生產、建築工程質量等管理的規章制度並監督執行；研究制定建築業體制改革措施並監督執行；指導建築企業建立現代企業制度；負責建築施工、建築安裝、建築裝修、建築制品、建設監理等企業的資質審批工作；負責對區外建築企業進疆從事建築活動實施驗證、註冊登記管理、組織協調建築企業參與國際工程承包和勞務合作；負責建築業統計工作。
7.勘察設計處（抗辦）
組織制定全區工程勘察設計咨詢業中長期發展規劃、改革方案、產業政策、技術政策；負責全區勘察設計咨詢市場和勘察設計咨詢單位質量管理；監督指導工程勘察設計招投標；組織全區工程建設標準設計的編制、審定及推廣；負責全區工程勘察、設計、咨詢單位和建設工程施工圖審查機構的資質管理；負責外省進疆設計單位的資質驗證、登記註冊管理；指導城市地下空間的開發利用；綜合管理工程建設抗震設防和抗震加固工作，指導震後重建工作。
8.城市規劃處
研究制定全區城市發展戰略及城市規劃管理的政策措施；組織全區城鎮體系規劃、城鎮總體規劃、詳細規劃、專業規劃的編制工作；負責自治區城鎮體系規劃和城市總體規劃的審查、報批工作；負責國家和自治區立項的建設項目選址定點審批和限額以上規劃用地審核；參與土地利用總體規劃審查；負責城市規劃設計單位的資質管理；負責城市雕塑和城市地下空間開發利用的規劃管理；承擔對歷史文化名城相關的審查報批和保護監督；管理城市勘察和市政工程測量工作。
9.城市建設處
研究制定全區城市建設和市政公用事業發展戰略、產業政策、改革措施和中長期規劃並指導和監督實施；貫徹執行國家制定的城建行業技術標準；負責城市供排水、燃氣、熱力、市政設施、公***客運、園林綠化、市容環衛等行業管理；負責對自治區重點風景名勝區及其規劃的審查報批和保護監督工作；指導城市計劃用水、節約用水和城市規劃區地下水的開發、利用和保護工作；負責城市建設統計工作。
10.村鎮建設處
研究擬定村鎮建設（包括縣以下建制鎮、集鎮、村莊）的發展戰略、政策措施和中長期規劃並監督實施；組織建制鎮、集鎮規劃及村莊、牧民定居點規劃的編制和實施工作；負責邊境口岸總體規劃的審查報批工作；組織實施村鎮建設試點；指導農房建設和村鎮基礎設施建設；指導受災地區村鎮重建和大型建設項目地區的村鎮遷建工作。
11.房地產業處
研究制定自治區房地產業發展戰略、中長期規劃和產業政策；指導全區住宅建設和房地產開發；指導城鎮土地使用權有償轉讓和開發利用工作；負責培育和規範房地產市場，指導房地產交易、租賃、抵押等經營活動；負責房地產開發、中介服務、物業管理等企業的資質審查；指導房地產產權、產籍管理、房屋拆遷和危房鑒定管理等工作；組織擬定全區城鎮住房制度改革綜合配套政策和方案；審核各地房改實施方案及配套政策並指導實施；負責全區住房公積金及其他住房資金的政策指導和監督；負責住房制度改革領導小組的日常工作。
12.住房公積金監管處
負責辦理區級行政、事業單位公有住房出售收入職工租賃保證金、維修金的收繳、審核工作；負責自治區行政、事業單位用於住房建設級住房維修資金的審批監督工作；負責自治區級行政、事業單位職工住房補貼核發及管理工作。
13.人事教育處
負責廳機關及直屬事業單位的組織人事、勞資和機構編制工作；負責全區建築工程和房地產經濟專業技術職稱評審；綜合管理建設行業執業註冊師的資審、培訓、註冊等工作；制定並實施全區建設行業人才培養規劃；負責建設行業職工教育培訓工作；指導全區建設行業職工職業技能鑒定和專業技術人員繼續教育；管理廳屬學校；負責廳系統的社團管理工作。
14.機關黨委（精神文明辦）
負責廳機關及直屬單位的黨群工作。
15.紀檢組（監察室）
負責廳機關和直屬單位的紀律檢查和行政監察工作。履行黨的紀律檢查和政府行政監察職能。
16.老幹部工作處的職責
負責廳機關、直屬單位離退休人員的服務和管理工作。
17.行政許可辦公室
根據《關於成立建設廳行政許可服務中心有關問題的通知》（新建人[2008]1號）規定，建設廳行政許可服務中心的具體職責為：統壹受理企業資質、個人執業資格類建設行政許可申請，向廳對口業務處室轉辦行政許可申請，向申請人送達行政許可文書、證書，督促業務處室承辦行政許可申請事項工作進度，會同業務處室管理建設行業資質（資格）評審專家庫，推進行政許可電子政務。