根據限制酶的結構,輔因子的需求切位與作用方式,可將限制酶分為三種類型,分別是第壹型(Type I)、第二型(Type II)及第三型(Type III)。Ⅰ型限制性內切酶既能催化宿主DNA的甲基化,又催化非甲基化的DNA的水解;而Ⅱ型限制性內切酶只催化非甲基化的DNA的水解。III型限制性內切酶同時具有修飾及認知切割的作用。
第二型限制酶
只具有識別切割的作用,修飾作用由其他酶進行。所識別的位置多為短的回文序列(palindrome sequence);所剪切的堿基序列通常即為所識別的序列。是遺傳工程上,實用性較高的限制酶種類。例如:EcoRI、HindⅢ。