1、種源科屬不同。石菖蒲為天南星科植物的幹燥根莖，九節菖蒲為毛茛科植物阿爾泰銀蓮花的幹燥根莖。
2、性狀不同。石菖蒲根莖呈扁圓柱形，表面棕褐色或灰棕色，粗糙，有疏密不勻的環節，；九節菖蒲根莖略呈短小紡錘形，表面棕黃色至暗棕色，具多數半環狀突起的環節。
3、理化性質不同。各取粉末1g，用10ml乙醚浸泡20分鐘，取浸提液點於濾紙上，幹後在紫外燈觀察：石菖蒲顯紫紅色熒光，九節菖蒲顯淺綠色熒光。
4、藥理作用不同。石菖蒲的主要活性成分為β-細辛醚、α-細辛醚，具有解痙、抗驚厥作用；而九節菖蒲含棕櫚酸、β-谷甾醇等，具有祛風、利濕、健胃等作用。
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擴展資料：
石菖蒲又名水劍草、水蜈蚣、山菖蒲。為天南星科植物石菖蒲的根莖。其性味辛、苦，微溫。能祛濕化痰、芳香開竅、和胃安神。
藥理證實石菖蒲有鎮靜及抗驚厥、促進消化液的分泌、抑制胃腸異常發酵、弛緩腸管平滑肌痙攣、擴張支氣管、增強腦區域性代謝功能的作用，對致病性皮膚真菌有抑制作。
九節菖蒲：又名小菖蒲、京菖蒲、節菖蒲，為毛茛科植物阿爾泰銀蓮花之根莖。其性味辛，微溫。能溫化痰濕、開竅醒神。主治熱病神昏譫語、癲癇痰厥、多夢健忘等。
九節菖蒲開竅醒神，散濕濁，開胃；外用解毒殺蟲。治熱病神昏譫語，癲癇發狂，下痢；因濕濁阻於胃中而致嘔吐不食等。外敷治癰疽疥癬。
參考資料：
/baike.baidu.com/item/%E7%9F%B3%E8%8F%96%E8%92%B2/2312039?fr=aladdin"target="_blank"title="百度百科-石菖蒲">百度百科-石菖蒲參考資料：
/baike.baidu.com/item/%E4%B9%9D%E8%8A%82%E8%8F%96%E8%92%B2/5045004?fr=aladdin"target="_blank"title="百度百科-九節菖蒲">百度百科-九節菖蒲