與三系法雜交水稻相比,兩系法雜交水稻的優點是配組自由、育種程序簡化、育種周期縮短、不育系多樣化,缺點是不育系繁殖和組合制種受到時空條件的限制。在1987年兩系法雜交水稻研究列入國家“863”計劃和袁隆平發表“雜交水稻育種的戰略設想”以後,兩系法雜交水稻的育種在全國廣泛展開。1988年第壹個進入生產性實驗的兩系雜交粳稻組合是N5047S/R9-1,到2000年全國通過省級和地市級審定的兩系法雜交稻品種只有27個,累計推廣面積在300萬公頃左右,是壹個發展比較慢的時期。2001年以兩優培九為代表的4個兩系法雜交水稻品種通過國家審定以後,兩系法雜交水稻進入快速發展的時期。到2015年,通過國家審定的兩系法雜交水稻135個、通過省級審定的兩系法雜交稻品種816個(次)(/variety/)。1996年推廣面積18.05萬公頃,占雜交水稻種植面積的0.92%,到2013年推廣面積發展到544.04萬公頃,占雜交水稻種植面積的33.59%,18年間兩系雜交稻面積擴大了30倍。其中推廣面積最大的組合是兩優培九(培矮64S/9311),累計推廣面積超過800萬公頃。目前,全國20個水稻種植省市,都有兩系雜交水稻種植,主要是秈型兩系雜交稻,年推廣面積超過100萬公頃的有湖南、湖北、安徽三省,其中安徽和湖北,兩系雜交稻面積已經超過三系雜交稻面積。