新成立的港航公安局由原上海市公安局、上海市港口公安局、上海市海事公安局合並而成。是上海市公安局黨委深入貫徹中央司法體制改革部署精神的具體實踐，改變了原來多頭治水的局面，把隸屬關系不同的水上公安機關擰成了壹股繩，形成了合力。
港航公安局主要負責上海市行政區域內，包括黃浦江、蘇州河和長江沿岸部分水域的治安、刑偵、交通、巡邏、消防、治安、實有人口管理，以及進出小洋山島的人員和車輛的查控工作。是保護國家水運基礎設施安全、維護水運秩序、保障港航運輸安全暢通的重要力量。
長航公安局屬於警察序列中的交警(不同於地方公安機關的交警)。是公安專業警察的壹種，其余為:國家林業局公安局管理的森林警察、鐵道部公安局管理的鐵路警察、民航局公安局管理的航空警察、海關總署緝私局管理的緝私警察。
這種警察是交通部直屬的，最高級別是交通運輸部公安局。這些警察在行政序列上屬於交通運輸部，業務由交通運輸部和公安部管理。
警服以胸牌區別於普通公安民警。航運警察的胸牌是全國統壹的“交通”。
公安部的職能:管理和指導港航公安工作。交通部公安局受交通部和公安部雙重領導。
辦公室職責
(1)辦公室
1，負責局機關召開的重要會議、局務會議、局長辦公會議的會務工作，以及決策的催辦。
2、負責公文處理、印章管理、文秘、檔案、保密、機要和行政事務管理。
3、交通口岸公安機關負責管理。
4、指導公安交通法制工作。
5.指導和參與港航治安工作。
6.負責港航公安機關的無線電通信、計算機網絡建設和信息管理。
7.負責交通運輸和港口通航邊境通行證的管理。
8、協助公安機關編制交通航運預算、決算和監督檢查經費使用情況。
9.承辦局領導交辦的其他工作。
(2)兩處(交通部公安局消防局、交通部安全司)
1，負責省廳日常安保工作，指導在京直屬單位安保工作。
2.承擔部社會治安綜合治理辦公室的日常工作，監督檢查部及在京單位社會治安綜合治理工作的落實情況。
3、組織制定港口消防管理法規、技術規範和發展規劃，並組織實施、監督檢查。
4、指導消防安全檢查和消防宣傳工作，組織對重大火災隱患和事故隱患進行專題研究，提出解決方案，並督促整改措施的落實；組織研究撲救船舶火災的戰術和技術。
5.參與重點港口建設項目消防設施的設計審查和竣工驗收。
6、指導或參與港口、船舶火災和爆炸事故的撲救和調查；負責港航部門火災爆炸事故的統計和分析。
7.指導港航公安消防隊的管理和業務培訓，組織制定水上公安消防隊技能培訓規定、港航消防監督員業務培訓、考核發證等工作。
8.制定港口水上消防隊、站技術裝備標準和公安消防船建造標準。
9.承辦局領導交辦的其他工作。
(3)三個地方
1，指導交通、港航公安機關國內安全、