重慶市人力資源和社會保障局有24個內設機構:
(1)辦公室(信息辦公室)
負責辦公室文電、會議、機要、檔案、保密、政務公開、安全保衛、行政後勤等工作；承擔信息化規劃、信息化建設和管理。
(二)信訪辦公室
貫徹執行國家信訪條例；擬訂人力資源和社會保障信訪管理規章制度和辦法，以及處理集體上訪和罷工的政策措施；負責處理來信、來訪和接待；組織協調處置影響較大的群體性突發事件；綜合分析信訪信息，提出政策建議；督促檢查信訪事項的辦理和落實情況。
(3)政策研究室
組織開展人力資源和社會保障政策研究；承擔重要文稿的起草工作；負責政策研究、行政科研和專家咨詢；承擔新聞發布等工作。
(4)法律部
起草人力資源和社會保障方面的地方性法規草案；承擔本機關相關規範性文件的合法性審查和備案工作；負責行政執法監督，承辦行政復議、行政訴訟等法律事務。
(5)計劃財務部
制定並組織實施人力資源和社會保障發展規劃和年度計劃；承辦社會保險基金預決算草案的編制工作；參與制定社會保障基金(資金)財務管理制度；承擔機關及所屬非獨立核算單位的財務管理和會計核算工作；承擔下屬單位國有資產的管理和審計工作；承擔本系統數據的統計發布工作；承擔相關科技項目和國際援助貸款項目的管理工作。
(6)就業促進辦公室
制定勞動者就業規劃、年度計劃和平等就業政策，完善公共就業服務體系；指導和規範公共就業服務的信息化管理；參與制定就業專項資金使用管理辦法；牽頭制定高校畢業生就業政策；制定特殊群體的就業援助和就業政策；制定外國人(不含專家)在渝就業管理政策，辦理外國人(不含專家)在渝就業許可業務。
(7)人力資源市場劃分
制定並組織實施人力資源市場發展政策和計劃；制定國(境)外、市外人力資源服務機構市場準入管理制度；指導和監督專業中介機構的管理；擬訂人員調配和特殊人群安置政策，承擔相關人員調配工作；負責人才開發和管理；負責引進緊缺和急需人才；負責組織實施農村鄉鎮人才隊伍建設規劃；負責擬訂機構改革中的定崗定編政策。
(八)轉業軍官安置(重慶市軍隊轉業幹部安置領導小組辦公室)
擬訂並組織實施軍隊轉業幹部安置、培訓和家屬安置的政策和計劃，完善培訓安置制度；承辦重慶市和中央有關單位的轉業幹部安置工作；組織制定部分企業解決困難、穩定轉業幹部的政策；指導自主擇業軍轉幹部的管理和服務工作；承擔市軍隊轉業幹部安置領導小組的具體工作。
(九)職業能力建設部(重慶市機關事業單位技術工人技術等級(崗位)評定辦公室)
擬訂城鄉勞動者職業培訓政策和規劃，擬訂高技能人才和農村實用人才培訓和激勵政策，並組織實施；制定技工學校、職業培訓機構和職業技能鑒定機構的發展規劃和管理規則，指導技工學校和職業培訓機構的師資和教材建設；負責審批技工學校的設立；完善職業技能資格制度，指導和管理職業技能培訓、鑒定和競賽；指導機關事業單位職工職業技能水平的評定工作。
(十)專業技術人員管理辦公室(重慶市職稱改革辦公室、重慶市博士後管理辦公室)
擬訂專業技術人員管理和繼續教育政策，綜合管理專業技術人員隊伍建設；承擔專業技術職稱、綜合管理專家和高層次專業技術人員的規劃、選拔和培訓工作；承擔國家級和市級專家的推薦和遴選工作；完善博士後管理制度；承擔深化職稱制度改革，完善專業技術人員資格制度；制定吸引海外留學生來渝工作或定居的政策；擬定境外機構在本市招聘專業技術骨幹人才的管理政策。
(十壹)事業單位人事管理辦公室
負責事業單位人事制度改革的指導和人事管理；制定並組織實施事業單位人員和政府工作人員管理政策；建立健全事業單位公開招聘(含招聘國(境)外非專家人員)、人員聘用考核、崗位設置等管理制度；承辦市級事業單位工作人員和市級機關工作人員的人事管理事項；會同有關部門承擔事業單位領導人員任期經濟責任審計。
(十二)農村勞動力開發管理辦公室
擬訂農村勞動力開發管理和農民工工作的綜合政策和規劃，推動農村勞動力開發管理和農民工相關政策的落實；參與協調涉及農民工權益保護的重大事項；指導和協調農村勞務開發管理和農民工信息化建設。
(13)勞動關系部
制定調整勞動關系的政策；制定勞動合同和集體合同制度的實施規範；制定並組織實施企業職工工資收入分配的調控政策；完善勞動關系協調機制；參與全國和市級企業勞動模範的評選；審批企業的特殊工時制度；制定消除非法使用童工的政策；擬訂企業職工福利和女職工、未成年工特殊勞動保護政策。
(14)機關事業單位工資福利部
牽頭制定並組織實施機關事業單位人員工資收入分配、福利、補貼、工傷、休息休假、退休等政策；承擔工資總額管理、退休人員綜合管理服務和機關事業單位工資及退休待遇的指導、監督、培訓等相關工作；承擔機關事業單位工資統計調查和市直機關事業單位工資統壹分配工作；參與醫療和住房制度改革。
(15)養老保險辦公室
統籌制定機關事業單位和城鎮居民養老保險和補充保險政策並組織實施；制定城鎮居民養老保險基金管理辦法和基金預測預警系統；制定退休參保人員的審批和管理政策；制定參保單位死亡職工遺屬和非因工傷殘職工待遇政策；制定勞動能力鑒定辦法和勞動鑒定機構管理制度並組織實施；制定全市統壹的養老保險關系續保辦法。
(16)失業保險部
擬訂失業保險政策、計劃和標準；制定失業保險基金管理辦法；建立失業預警系統，制定預防、調控大規模失業的政策並組織實施；擬訂經濟體制改革中保護勞動者權益的政策；負責市屬企業經濟性裁員的備案。
(十七)醫療保險司
統籌制定職工醫療保險和生育保險的政策、計劃和標準；制定醫療保險和生育保險基金管理辦法；組織制定醫療保險和生育保險定點醫療機構和定點藥店的服務管理、結算方式和支付範圍；制定機關事業單位補充醫療保險政策和管理辦法。
(18)工傷保險部
擬訂工傷保險政策、計劃和標準；制定工傷保險基金管理辦法；制定工傷預防、工傷認定、工傷康復和工傷殘疾鑒定政策並組織實施；組織制定工傷醫療、康復和殘疾輔助器具安裝協議定點機構的資質標準和監督管理辦法；負責市級機關事業單位工作人員的工傷認定。
(十九)農村社會保險部
擬訂被征地農民農村養老保險和社會保障的政策、規劃和標準，管理和指導被征地農民農村養老保險和社會保障工作；負責審核征地過程中被征地農民社會保障措施的落實情況；會同有關方面制定農村社會保險基金管理辦法。
(二十)社會保險基金監督辦公室(重慶市社會保障監督委員會辦公室)
擬訂社會保險及其補充保險基金的監管制度、運營政策和資格標準；依法監督社會保險及其補充保險基金的收支、管理和運營，組織查處重大案件；負責社會保險基金監督員和社會保險經辦機構審計人員的培訓、資格認證和監督管理；承擔市社會保障監督委員會的具體工作。
(二十壹)調解仲裁管理處(重慶市勞動爭議仲裁委員會辦公室、重慶市人事爭議仲裁委員會辦公室)
統籌實施勞動人事爭議調解仲裁制度，指導勞動人事爭議調解仲裁工作；指導勞動人事爭議預防工作；依法組織處理重大勞動人事爭議；負責調解員和仲裁員的培訓、資格認證和監督管理；承擔市勞動人事爭議仲裁委員會的具體工作。
(二十二)勞動保障監察辦公室
制定勞動保障監察制度並組織實施；開展勞動保障監察，組織或參與重大案件的調查；監督勞動保障監察機構和監察員的執法行為；牽頭協調處理勞動者維權工作，組織處理相關突發事件；負責勞動安全監察員的培訓、資格認證和監督管理；承擔其他人力資源和社會保障監督檢查工作。
(二十三)重慶市外國專家局(重慶市外國智力引進辦公室和國際合作辦公室)
貫徹執行國家引進國外智力的法律、法規、規章和政策；制定吸引外國專家來重慶工作或定居的政策；規劃國外智力引進的發展戰略；負責重慶市外國專家獎的評審和授予工作；組織實施國外智力引進項目，編制國外智力引進專項資金並監督檢查；負責引進國外智力的行政許可和資格認定；協助處理引進國外智力工作中的重大事件；制定出國(境)培訓工作計劃和管理辦法並組織實施；負責人力資源和社會保障領域的國際交流與合作。
(二十四)人事部
承辦機關、市公務員局及下屬單位的幹部、人事和組織工作；負責全市人力資源和社會保障系統的教育培訓工作。
機關黨委負責機關、市公務員局及下屬單位的黨群工作。
退休人員辦公室負責機關和市公務員局退休人員管理，指導下屬單位退休人員工作。